第一条　この政令において「内国法人」、「外国法人」、「通算子法人」、「通算法人」、「通算完全支配関係」、「恒久的施設」、「地方法人税中間申告書」、「地方法人税確定申告書」、「修正申告書」、「中間納付額」、「更正」、「附帯税」、「充当」、「還付加算金」又は「課税事業年度」とは、それぞれ地方法人税法（以下「法」という。）第二条第一号、第二号、第七号から第九号まで、第十一号、第十四号、第十五号若しくは第十七号から第二十二号まで又は第七条第一項に規定する内国法人、外国法人、通算子法人、通算法人、通算完全支配関係、恒久的施設、地方法人税中間申告書、地方法人税確定申告書、修正申告書、中間納付額、更正、附帯税、充当、還付加算金又は課税事業年度をいう。

２　受託法人（法第三条第三項において準用する法人税法第四条の三に規定する受託法人をいう。）に対する法及びこの政令の規定の適用については、法第十九条の三第二項及び第二十四条の五第二項中「次に」とあるのは、「第三条第三項において準用する法人税法第四条の三に規定する受託法人以外の法人のうち次に」とする。

第三条　法第十二条第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の当該課税事業年度の法第九条に規定する課税標準法人税額につき法第十条の規定を適用して計算した地方法人税の額（当該課税事業年度の基準法人税額（法第六条第一項に規定する基準法人税額をいう。以下この項及び第五項において同じ。）のうちに租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第四十二条の十四第一項（東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第十七条の四の二第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）若しくは第四項又は第三章第五節若しくは第五節の二の規定（以下この項において「税額加算規定」という。）により加算された金額がある場合には、当該基準法人税額から当該加算された金額を控除した金額を当該課税事業年度の基準法人税額とみなして法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額）から、法人税法第六十七条の規定及び税額加算規定の適用がないものとして同法第六十九条の二、法第十二条の二並びに租税特別措置法第六十六条の七第四項及び第十項並びに第六十六条の九の三第三項及び第九項の規定を適用した場合に法第十二条の二並びに租税特別措置法第六十六条の七第十項及び第六十六条の九の三第九項の規定により控除をされるべき金額の合計額を控除した金額に、当該課税事業年度に係る法人税法施行令第百四十二条第二項から第五項までの規定を適用して計算した同条第一項に規定する割合を乗じて計算した金額とする。

２　法第十二条第二項に規定する政令で定める金額は、同項の恒久的施設を有する外国法人の当該課税事業年度の法第六条第一項第二号イ（１）に掲げる国内源泉所得に係る所得の金額につき法人税法その他の法人税の税額の計算に関する法令の規定（同法第百四十四条から第百四十四条の二の三までの規定を除く。）により計算した法人税の額（附帯税の額を除く。）を法第九条に規定する課税標準法人税額として法第十条の規定を適用して計算した地方法人税の額（当該課税事業年度の当該法人税の額のうちに租税特別措置法第三章第五節又は第五節の二の規定（以下この項において「税額加算規定」という。）により加算された金額がある場合には、当該法人税の額から当該加算された金額を控除した金額を当該課税事業年度の法人税の額とみなして法第九条及び第十条の規定を適用して計算した金額）から、税額加算規定の適用がないものとして法人税法第百四十四条の二の二及び法第十二条の二の規定を適用した場合に同条の規定により控除をされるべき金額を控除した金額（次項において「地方法人税額」という。）とする。

第四条　法第十二条の二第一項の規定により各課税事業年度の法第十一条に規定する所得地方法人税額から控除する金額は、当該課税事業年度における法人税法施行令第百四十九条第二項各号に定める分配時調整外国税相当額のうち当該課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額を超える金額とする。

２　法第十二条の二第二項の規定により各課税事業年度の法第六条第一項第二号に定める基準法人税額に対する地方法人税の額から控除する金額は、当該課税事業年度における法人税法施行令第二百一条の二第二項各号に定める分配時調整外国税相当額のうち法第十二条の二第二項に規定する法人税の額を超える金額とする。

３　法第十二条の二第二項に規定する政令で定める金額は、同項の恒久的施設を有する外国法人の当該課税事業年度の法第六条第一項第二号イ（１）に掲げる国内源泉所得に係る所得の金額につき法人税法その他の法人税の税額の計算に関する法令の規定（同法第百四十四条から第百四十四条の二の三までの規定を除く。）により計算した法人税の額（附帯税の額を除く。）を法第九条に規定する課税標準法人税額として法第十条の規定を適用して計算した地方法人税の額とする。

一　法第二十二条第一項の地方法人税確定申告書に係る課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税で修正申告書の提出又は更正により納付すべきもの（当該還付金が法第十九条第一項第三号に掲げる金額に係るものである場合には、中間納付額を除く。）があるときは、当該地方法人税に充当する。

一　当該還付金の計算の基礎とされた中間納付額に係る課税事業年度の法第六条第一項第一号又は第二号に定める基準法人税額に対する地方法人税で修正申告書の提出又は更正により納付すべきもの（中間納付額を除く。）があるときは、当該地方法人税に充当する。

２　その課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税に係る法第二十二条第一項の規定による還付金（これに係る還付加算金を含む。以下この項において同じ。）と法第二十二条の二第一項又は第二項の規定による還付金とがある場合において、これらの還付金をその課税事業年度の同号に定める基準法人税額に対する地方法人税で未納のものに充当するときは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める還付金からまず充当するものとする。

第十六条　法第二十九条第一項に規定する政令で定める金額は、当該課税事業年度の法第六条第一項第一号に定める基準法人税額に対する地方法人税の額のうち内国法人が提出した地方法人税確定申告書に記載された法第十九条第一項第二号に掲げる金額として納付されたものとする。