３　法人が、適格組織再編成により被合併法人等から第一項本文に規定する資産の移転を受けた場合において、当該資産について同項の規定の適用を受けるときは、当該資産の法人税法施行令第四十八条第一項第一号イ（１）若しくは第三号ハ又は第四十八条の二第一項第一号イ（１）若しくは第三号イ（２）若しくは第五項第一号（減価償却資産の償却の方法）に規定する取得価額には、当該被合併法人等がした償却の額（当該資産につき同令第四十八条第五項第三号に規定する評価換え等が行われたことによりその帳簿価額が減額された場合には、当該帳簿価額が減額された金額を含む。）で当該被合併法人等の各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額（当該資産が同令第四十八条の三第二項各号（適格分社型分割等があつた場合の減価償却資産の償却の方法）に掲げる減価償却資産である場合において、当該資産につき当該各号に定める償却の額があるときは、当該償却の額に相当する金額を含む。）を含まないものとする。