第十条の五の六　青色申告書を提出する個人で産業競争力強化法（平成二十五年法律第九十八号）第二十一条の三十五第一項に規定する認定事業適応事業者（第五項を除き、以下この条において「認定事業適応事業者」という。）であるものが、産業競争力強化法等の一部を改正する等の法律（令和三年法律第七十号）の施行の日から令和七年三月三十一日までの期間（以下この条において「指定期間」という。）内に、産業競争力強化法第二十一条の二十三第二項に規定する認定事業適応計画に従つて実施される同法第二十一条の三十五第一項に規定する情報技術事業適応（以下第八項までにおいて「情報技術事業適応」という。）の用に供するために特定ソフトウエア（政令で定めるソフトウエアをいう。以下この項及び第七項において同じ。）の新設若しくは増設をし、又は情報技術事業適応を実施するために利用するソフトウエアのその利用に係る費用（繰延資産となるものに限る。以下この条において同じ。）を支出する場合において、当該新設若しくは増設に係る特定ソフトウエア並びに当該特定ソフトウエア若しくはその利用するソフトウエアとともに情報技術事業適応の用に供する機械及び装置並びに器具及び備品（主として産業試験研究（第十条第八項第一号イ（１）に規定する試験研究又は同号イ（２）に規定する政令で定める試験研究をいう。）の用に供されるものとして財務省令で定めるもの（第七項において「産業試験研究用資産」という。）を除く。以下この項及び次項において「情報技術事業適応設備」という。）でその製作の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は情報技術事業適応設備を製作して、これを国内にある当該個人の事業の用に供したとき（貸付けの用に供した場合を除く。第五項、第七項及び第九項において同じ。）は、その事業の用に供した日の属する年（事業を廃止した日の属する年を除く。以下この条において「供用年」という。）の年分における当該個人の事業所得の金額の計算上、当該情報技術事業適応設備の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定にかかわらず、当該情報技術事業適応設備について同項の規定により計算した償却費の額と特別償却限度額（当該情報技術事業適応設備の取得価額（情報技術事業適応の用に供するために取得又は製作をする特定ソフトウエア並びに当該特定ソフトウエア又は情報技術事業適応を実施するために利用してその利用に係る費用を支出するソフトウエアとともに情報技術事業適応の用に供する機械及び装置並びに器具及び備品の取得価額並びに情報技術事業適応を実施するために利用するソフトウエアのその利用に係る費用の額の合計額（以下この条において「対象資産合計額」という。）が三百億円を超える場合には、三百億円に当該情報技術事業適応設備の取得価額が当該対象資産合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額）の百分の三十に相当する金額をいう。）との合計額（次項において「合計償却限度額」という。）以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額とする。ただし、当該情報技術事業適応設備の償却費として同法第四十九条第一項の規定により必要経費に算入される金額を下ることはできない。

５　青色申告書を提出する個人で産業競争力強化法等の一部を改正する等の法律（令和三年法律第七十号）の施行の日から令和八年三月三十一日までの間にされた産業競争力強化法第二十一条の二十二第一項の認定に係る同法第二十一条の二十三第一項に規定する認定事業適応事業者（その同条第二項に規定する認定事業適応計画（同法第二十一条の二十第二項第二号に規定するエネルギー利用環境負荷低減事業適応に関するものに限る。以下この条において「認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画」という。）に当該認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に従つて行う同法第二十一条の二十第二項第二号に規定するエネルギー利用環境負荷低減事業適応（以下この項において「エネルギー利用環境負荷低減事業適応」という。）のための措置として同法第二条第十三項に規定する生産工程効率化等設備（以下この条において「生産工程効率化等設備」という。）を導入する旨の記載があるものに限る。第九項において「認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応事業者」という。）であるものが、当該認定の日から同日以後三年を経過する日までの間に、その認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に記載された生産工程効率化等設備でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又はその認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に記載された生産工程効率化等設備を製作し、若しくは建設して、これを国内にある当該個人の事業の用に供した場合において、当該生産工程効率化等設備につき第一項の規定の適用を受けないときは、供用年の年分における当該個人の事業所得の金額の計算上、当該生産工程効率化等設備の償却費として必要経費に算入する金額は、所得税法第四十九条第一項の規定にかかわらず、当該生産工程効率化等設備について同項の規定により計算した償却費の額と特別償却限度額（当該生産工程効率化等設備の取得価額（その認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に従つて行うエネルギー利用環境負荷低減事業適応のための措置として取得又は製作若しくは建設をする生産工程効率化等設備の取得価額の合計額が五百億円を超える場合には、五百億円にその事業の用に供した生産工程効率化等設備の取得価額が当該合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額。第九項において「基準取得価額」という。）の百分の五十に相当する金額をいう。）との合計額（次項において「合計償却限度額」という。）以下の金額で当該個人が必要経費として計算した金額とする。ただし、当該生産工程効率化等設備の償却費として同条第一項の規定により必要経費に算入される金額を下ることはできない。

一　第一項及び第七項の規定　令和五年四月一日前に産業競争力強化法第二十一条の二十二第一項の認定の申請がされた同法第二十一条の二十三第二項に規定する認定事業適応計画（同日以後に同条第一項の規定による変更の認定の申請がされた場合において、その変更の認定があつたときは、その変更後のものを除く。）に従つて実施される同法第二十一条の三十五第一項に規定する情報技術事業適応（次号において「旧情報技術事業適応」という。）の用に供する第一項及び第七項に規定する情報技術事業適応設備で同日以後に取得又は製作をされたもの

イ　この条、第四十二条の六第二項及び第三項、第四十二条の九、第四十二条の十第二項、第四十二条の十一第二項、第四十二条の十一の二第二項、第四十二条の十一の三第二項、第四十二条の十二、第四十二条の十二の二、第四十二条の十二の四第二項及び第三項、第四十二条の十二の五、第四十二条の十二の六第二項、第四十二条の十二の七第四項から第八項まで、第十項及び第十一項並びに第四十二条の十四第一項の規定

第四十二条の十二の七　青色申告書を提出する法人で産業競争力強化法第二十一条の三十五第一項に規定する認定事業適応事業者（第三項及び第七項を除き、以下この条において「認定事業適応事業者」という。）であるものが、産業競争力強化法等の一部を改正する等の法律（令和三年法律第七十号）の施行の日から令和七年三月三十一日までの期間（以下この条において「指定期間」という。）内に、産業競争力強化法第二十一条の二十三第二項に規定する認定事業適応計画に従つて実施される同法第二十一条の三十五第一項に規定する情報技術事業適応（以下第五項までにおいて「情報技術事業適応」という。）の用に供するために特定ソフトウエア（政令で定めるソフトウエアをいう。以下この項及び第四項において同じ。）の新設若しくは増設をし、又は情報技術事業適応を実施するために利用するソフトウエアのその利用に係る費用（繰延資産となるものに限る。以下この条において同じ。）を支出する場合において、当該新設若しくは増設に係る特定ソフトウエア並びに当該特定ソフトウエア若しくはその利用するソフトウエアとともに情報技術事業適応の用に供する機械及び装置並びに器具及び備品（主として産業試験研究（第四十二条の四第十九項第一号イ（１）に規定する試験研究又は同号イ（２）に規定する政令で定める試験研究をいう。）の用に供されるものとして財務省令で定めるもの（第四項において「産業試験研究用資産」という。）を除く。以下この項において「情報技術事業適応設備」という。）でその製作の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は情報技術事業適応設備を製作して、これを国内にある当該法人の事業の用に供したとき（貸付けの用に供した場合を除く。第三項、第四項及び第六項において同じ。）は、その事業の用に供した日を含む事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。以下この条において「供用年度」という。）の当該情報技術事業適応設備の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該情報技術事業適応設備の普通償却限度額と特別償却限度額（当該情報技術事業適応設備の取得価額（情報技術事業適応の用に供するために取得又は製作をする特定ソフトウエア並びに当該特定ソフトウエア又は情報技術事業適応を実施するために利用してその利用に係る費用を支出するソフトウエアとともに情報技術事業適応の用に供する機械及び装置並びに器具及び備品の取得価額並びに情報技術事業適応を実施するために利用するソフトウエアのその利用に係る費用の額の合計額（以下この条において「対象資産合計額」という。）が三百億円を超える場合には、三百億円に当該情報技術事業適応設備の取得価額が当該対象資産合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額）の百分の三十に相当する金額をいう。）との合計額とする。

３　青色申告書を提出する法人で産業競争力強化法等の一部を改正する等の法律（令和三年法律第七十号）の施行の日から令和八年三月三十一日までの間にされた産業競争力強化法第二十一条の二十二第一項の認定に係る同法第二十一条の二十三第一項に規定する認定事業適応事業者（その同条第二項に規定する認定事業適応計画（同法第二十一条の二十第二項第二号に規定するエネルギー利用環境負荷低減事業適応に関するものに限る。以下この条において「認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画」という。）に当該認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に従つて行う同法第二十一条の二十第二項第二号に規定するエネルギー利用環境負荷低減事業適応（以下この項において「エネルギー利用環境負荷低減事業適応」という。）のための措置として同法第二条第十三項に規定する生産工程効率化等設備（以下この条において「生産工程効率化等設備」という。）を導入する旨の記載があるものに限る。第六項において「認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応事業者」という。）であるものが、当該認定の日から同日以後三年を経過する日までの間に、その認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に記載された生産工程効率化等設備でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又はその認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に記載された生産工程効率化等設備を製作し、若しくは建設して、これを国内にある当該法人の事業の用に供した場合において、当該生産工程効率化等設備につき第一項の規定の適用を受けないときは、供用年度の当該生産工程効率化等設備の償却限度額は、法人税法第三十一条第一項又は第二項の規定にかかわらず、当該生産工程効率化等設備の普通償却限度額と特別償却限度額（当該生産工程効率化等設備の取得価額（その認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に従つて行うエネルギー利用環境負荷低減事業適応のための措置として取得又は製作若しくは建設をする生産工程効率化等設備の取得価額の合計額が五百億円を超える場合には、五百億円にその事業の用に供した生産工程効率化等設備の取得価額が当該合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額。第六項において「基準取得価額」という。）の百分の五十に相当する金額をいう。）との合計額とする。

７　青色申告書を提出する法人で新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律（令和六年法律第四十五号）の施行の日から令和九年三月三十一日までの間にされた産業競争力強化法第二十一条の二十二第一項の認定に係る同法第二十一条の三十五第二項に規定する認定事業適応事業者（第十項において「認定産業競争力基盤強化商品生産販売事業者」という。）であるものが、その認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に記載された同法第二条第十四項に規定する産業競争力基盤強化商品（第十項において「産業競争力基盤強化商品」という。）のうち同条第十四項の半導体（以下この項及び第十項において「半導体」という。）の生産をするための設備の新設又は増設をする場合において、当該新設若しくは増設に係る機械その他の減価償却資産（以下この項及び第十七項において「半導体生産用資産」という。）でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は半導体生産用資産を製作し、若しくは建設して、これを国内にある当該法人の事業の用に供したときは、当該半導体生産用資産につき第一項、第三項、第四項又は前項の規定の適用を受ける場合を除き、その事業の用に供した日（以下この項において「供用日」という。）から当該認定の日以後十年を経過する日まで（同日までに同法第二十一条の二十三第二項又は第三項の規定により当該認定を取り消されたときは、その取り消された日の前日まで）の期間（以下この項において「対象期間」という。）内の日を含む各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。以下この項において「供用中年度」という。）の所得に対する調整前法人税額から、当該半導体生産用資産により生産された半導体が次の各号に掲げる半導体のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める金額と、その事業の用に供した当該半導体生産用資産及びこれとともに当該半導体を生産するために直接又は間接に使用する減価償却資産に対して投資した金額の合計額として財務省令で定める金額に相当する金額（当該半導体生産用資産について既にこの項の規定により当該供用中年度前の各事業年度の所得に対する調整前法人税額から控除された金額その他政令で定める金額がある場合には、これらの金額を控除した残額）とのうちいずれか少ない金額の合計額（以下この項及び第九項において「半導体税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該法人の当該供用中年度における半導体税額控除限度額が、当該法人の当該供用中年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十に相当する金額（前三項の規定により当該供用中年度の所得に対する調整前法人税額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。

８　青色申告書を提出する法人が、各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において繰越税額控除限度超過額を有する場合には、当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、当該繰越税額控除限度超過額に相当する金額を控除する。この場合において、当該法人の当該事業年度における繰越税額控除限度超過額が当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の二十に相当する金額（第四項から前項までの規定により当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の二十に相当する金額を限度とする。

９　前項に規定する繰越税額控除限度超過額とは、当該法人の当該事業年度開始の日前三年以内に開始した各事業年度（当該事業年度まで連続して青色申告書の提出をしている場合の各事業年度に限る。）における半導体税額控除限度額のうち、第七項の規定による控除をしてもなお控除しきれない金額（既に前項の規定により当該各事業年度において調整前法人税額から控除された金額がある場合には、当該金額を控除した残額）の合計額をいう。

１０　青色申告書を提出する法人で新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律（令和六年法律第四十五号）の施行の日から令和九年三月三十一日までの間にされた産業競争力強化法第二十一条の二十二第一項の認定に係る認定産業競争力基盤強化商品生産販売事業者であるものが、その認定エネルギー利用環境負荷低減事業適応計画に記載された産業競争力基盤強化商品（半導体を除く。以下この項において「特定産業競争力基盤強化商品」という。）の生産をするための設備の新設又は増設をする場合において、当該新設若しくは増設に係る機械その他の減価償却資産（以下この項及び第十七項において「特定商品生産用資産」という。）でその製作若しくは建設の後事業の用に供されたことのないものを取得し、又は特定商品生産用資産を製作し、若しくは建設して、これを国内にある当該法人の事業の用に供したときは、当該特定商品生産用資産につき第一項、第三項、第四項、第六項又は第七項の規定の適用を受ける場合を除き、その事業の用に供した日（以下この項において「供用日」という。）から当該認定の日以後十年を経過する日まで（同日までに同法第二十一条の二十三第二項又は第三項の規定により当該認定を取り消されたときは、その取り消された日の前日まで）の期間（以下この項において「対象期間」という。）内の日を含む各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。以下この項において「供用中年度」という。）の所得に対する調整前法人税額から、当該特定商品生産用資産により生産された特定産業競争力基盤強化商品が次の各号に掲げる商品のいずれに該当するかに応じ当該各号に定める金額と、その事業の用に供した当該特定商品生産用資産及びこれとともに当該特定産業競争力基盤強化商品を生産するために直接又は間接に使用する減価償却資産に対して投資した金額の合計額として財務省令で定める金額に相当する金額（当該特定商品生産用資産について既にこの項の規定により当該供用中年度前の各事業年度の所得に対する調整前法人税額から控除された金額その他政令で定める金額がある場合には、これらの金額を控除した残額）とのうちいずれか少ない金額の合計額（以下この項及び第十二項において「特定商品税額控除限度額」という。）を控除する。この場合において、当該法人の当該供用中年度における特定商品税額控除限度額が、当該法人の当該供用中年度の所得に対する調整前法人税額の百分の四十に相当する金額（第四項から第八項までの規定により当該供用中年度の所得に対する調整前法人税額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の四十に相当する金額を限度とする。

１１　青色申告書を提出する法人が、各事業年度（解散（合併による解散を除く。）の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において繰越税額控除限度超過額を有する場合には、当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から、当該繰越税額控除限度超過額に相当する金額を控除する。この場合において、当該法人の当該事業年度における繰越税額控除限度超過額が当該法人の当該事業年度の所得に対する調整前法人税額の百分の四十に相当する金額（第四項から第八項まで及び前項の規定により当該事業年度の所得に対する調整前法人税額から控除される金額がある場合には、当該金額を控除した残額）を超えるときは、その控除を受ける金額は、当該百分の四十に相当する金額を限度とする。

１２　前項に規定する繰越税額控除限度超過額とは、当該法人の当該事業年度開始の日前四年以内に開始した各事業年度（当該事業年度まで連続して青色申告書の提出をしている場合の各事業年度に限る。）における特定商品税額控除限度額のうち、第十項の規定による控除をしてもなお控除しきれない金額（既に前項の規定により当該各事業年度において調整前法人税額から控除された金額がある場合には、当該金額を控除した残額）の合計額をいう。

８　第五項に規定する法人が対象年度において特定税額控除規定の適用を受ける場合（同項各号に掲げる要件のいずれかに該当することにより同項の規定の適用がない場合に限る。）における第四十二条の四第九項（同条第十八項において準用する場合を含む。）及び第二十一項、第四十二条の十一の二第五項、第四十二条の十二の六第五項並びに前条第十六項の規定の適用については、これらの規定により添付すべき書類は、これらの規定に規定する書類及び当該各号に掲げる要件のいずれかに該当することを明らかにする書類とする。

第四十二条の十四　内国法人の次の表の各号の上欄に掲げる規定（以下この項において「税額控除規定」という。）の適用を受けた一の事業年度（当該内国法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限る。以下この項において「適用事業年度」という。）後の各事業年度（以下この項において「調整事業年度」という。）終了の時において、他の通算法人（当該内国法人の当該適用事業年度終了の日（以下この項において「基準日」という。）において当該内国法人との間に通算完全支配関係がある他の内国法人をいう。以下この項において同じ。）のいずれかの基準日に終了する事業年度（以下この項において「他の適用事業年度」という。）において生じた通算前欠損金額（法人税法第六十四条の五第一項に規定する通算前欠損金額をいい、同法第六十四条の六の規定によりないものとされたものを除く。以下この項及び次項において同じ。）が当該他の通算法人の当該他の適用事業年度の確定申告書等に添付された書類に通算前欠損金額として記載された金額を超える場合（その超える部分の金額（以下この項において「通算不足欠損金額」という。）のうちに事実を仮装して経理したところに基づくものがある場合に限る。以下この項において「過大申告の場合」という。）又は他の通算法人のいずれかの他の適用事業年度の確定申告書等（期限後申告書に限る。）に添付された書類に通算前欠損金額として記載された金額（以下この項において「期限後欠損金額」という。）がある場合（以下この項において「期限後欠損金額の場合」という。）において、当該税額控除規定により当該適用事業年度の所得に対する法人税の額から控除された金額（以下この項において「控除額」という。）のうち通算不足欠損相当税額（他の通算法人（過大申告の場合又は期限後欠損金額の場合に係るものに限る。）に係る通算不足欠損金額又は期限後欠損金額の合計額に欠損分配割合（当該他の通算法人につき同法第六十四条の五第五項の規定を適用しないものとした場合の当該内国法人の当該適用事業年度の同項の規定を適用した同条第二項に規定する割合をいう。）を乗じて計算した金額を当該内国法人の当該適用事業年度の所得の金額とみなして当該所得の金額につき同法第六十六条の規定並びに第六十七条の二及び第六十八条の規定を適用するものとした場合に計算される法人税の額をいう。）に当該各号の中欄に掲げる割合を乗じて計算した金額から税額控除余裕額（当該控除額が当該適用事業年度の当該各号の下欄に掲げる金額に満たない場合におけるその満たない部分の金額をいう。）を控除した金額（当該適用事業年度の所得に対する調整前法人税額（第四十二条の四第十九項第二号に規定する調整前法人税額をいう。以下この項において同じ。）から当該通算不足欠損相当税額を控除した金額を当該適用事業年度の所得に対する調整前法人税額とみなして前条第一項及び同項各号に掲げる規定を適用した場合に同項の規定により当該調整前法人税額から控除しないこととなる同項に規定する調整前法人税額超過額があるときは、当該控除額のうち当該調整前法人税額超過額を構成することとなる部分に相当する金額を加算した金額）に達するまでの金額（以下この項において「個別要加算調整額」という。）（当該控除額のうちに当該調整事業年度前の各事業年度においてこの項又は第四項の規定により加算された金額がある場合には、当該個別要加算調整額から当該加算された金額の合計額を控除した金額）の合計額（以下この項において「要加算調整額」という。）があるときは、当該調整事業年度の所得に対する法人税の額は、同法第六十六条第一項から第三項まで及び第六項並びに第六十九条第十九項（同条第二十三項又は第二十四項において準用する場合を含む。）の規定、第四十二条の四第八項第六号ロ及び第七号（これらの規定を同条第十八項において準用する場合を含む。）、第四項、第六十七条の二第一項並びに第六十八条第一項の規定その他法人税に関する法令の規定にかかわらず、これらの規定により計算した法人税の額に、当該要加算調整額を加算した金額とする。

５　第一項又は前項の規定の適用がある場合における法人税法第六十七条及び第六十九条並びに地方法人税法の規定の適用については、法人税法第六十七条第一項中「前条第一項、第二項及び第六項並びに第六十九条第十九項（外国税額の控除）（同条第二十三項において準用する場合を含む。第三項において同じ。）」とあるのは「租税特別措置法第四十二条の十四第一項及び第四項（通算法人の仮装経理に基づく過大申告の場合等の法人税額）」と、同条第三項中「前条第一項、第二項及び第六項並びに第六十九条第十九項」とあるのは「租税特別措置法第四十二条の十四第一項及び第四項」と、同法第六十九条第十九項中「第六十六条第一項から第三項まで及び第六項」とあるのは「租税特別措置法第四十二条の十四第一項及び第四項（通算法人の仮装経理に基づく過大申告の場合等の法人税額）」と、地方法人税法第六条第一項第一号中「まで」とあるのは「まで並びに租税特別措置法第四十二条の十四第一項及び第四項（同法第四十二条の十二の七第十項及び第十一項に係る部分に限る。）」とする。

第五十六条　青色申告書を提出する法人で次の表の各号の第一欄に掲げる法人に該当するものが、各事業年度（解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度を除く。）において当該各号の第二欄に掲げる措置として他の法人の株式又は出資（以下この条において「株式等」という。）の取得（購入による取得に限る。以下この条において同じ。）をし、かつ、これをその取得の日を含む事業年度終了の日まで引き続き有している場合（その取得をした株式等（以下この項において「特定株式等」という。）の取得価額が当該各号の第三欄に掲げる金額である場合及び同日において当該措置に基因し、又は関連して生ずる損害を塡補する保険で財務省令で定めるものの契約（第三項第七号において「特定保険契約」という。）を締結している場合を除く。）において、当該特定株式等の価格の低落による損失に備えるため、当該特定株式等（合併により合併法人に移転するものを除く。）の取得価額に当該各号の第四欄に掲げる割合を乗じて計算した金額（当該事業年度において当該特定株式等の帳簿価額を減額した場合には、その減額した金額のうち当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額に相当する金額を控除した金額）以下の金額を損金経理の方法により各特定法人（特定株式等を発行した法人をいう。次項及び第三項において同じ。）別に中小企業事業再編投資損失準備金として積み立てたとき（当該事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法により中小企業事業再編投資損失準備金として積み立てた場合を含む。）は、その積み立てた金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。

２　前項の中小企業事業再編投資損失準備金を積み立てている法人の各事業年度終了の日において、前事業年度から繰り越された特定法人に係る中小企業事業再編投資損失準備金の金額（その日までに次項の規定により益金の額に算入された、若しくは算入されるべきこととなつた金額又は前事業年度終了の日までにこの項の規定により益金の額に算入された金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。次項及び第四項において同じ。）のうちにその積み立てられた事業年度（以下この項において「積立事業年度」という。）終了の日の翌日から五年（前項の表の第二号の第二欄に掲げる措置として特定法人の株式等の取得をしていた場合における当該特定法人に係る中小企業事業再編投資損失準備金にあつては、十年）を経過したもの（以下この項において「据置期間経過準備金額」という。）がある場合には、当該据置期間経過準備金額については、当該積立事業年度の所得の金額の計算上前項の規定により損金の額に算入された当該中小企業事業再編投資損失準備金として積み立てた金額に当該各事業年度の月数を乗じてこれを六十で除して計算した金額（当該計算した金額が当該据置期間経過準備金額を超える場合には、当該据置期間経過準備金額）に相当する金額を、当該事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。

一　次に掲げる場合に該当することとなつた場合（次に掲げる場合の区分に応じそれぞれ次に定める措置として特定法人の株式等の取得をしていた場合に限る。）　その取り消された日における当該特定法人に係る中小企業事業再編投資損失準備金の金額

２７　更正若しくは決定（以下この項において「更正決定」という。）又は国税通則法第三十二条第五項に規定する賦課決定（以下この条において「賦課決定」という。）で次の各号に掲げるものは、同法第七十条第一項の規定にかかわらず、当該各号に定める期限又は日から七年を経過する日まで、することができる。この場合において、同条第三項及び第四項並びに同法第七十一条第一項並びに地方法人税法第二十六条第一項及び第三項の規定の適用については、国税通則法第七十条第三項中「の規定により」とあるのは「及び租税特別措置法第六十六条の四第二十七項（国外関連者との取引に係る課税の特例）の規定により」と、「、前二項」とあるのは「、前二項及び同条第二十七項」と、同条第四項中「の規定により」とあるのは「及び租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定により」と、「、第一項」とあるのは「、第一項及び同法第六十六条の四第二十七項」と、同法第七十一条第一項中「日が前条」とあるのは「日が前条及び租税特別措置法第六十六条の四第二十七項（国外関連者との取引に係る課税の特例）」と、「同条」とあるのは「前条及び同項」と、同項第四号ロ中「前条」とあるのは「前条及び租税特別措置法第六十六条の四第二十七項」と、地方法人税法第二十六条第一項中「第七十条第三項」とあるのは「第七十条第三項（租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。以下この項において同じ。）」と、「更正の請求（同法」とあるのは「更正の請求（国税通則法」と、「及び第二項」とあるのは「及び第二項の規定並びに租税特別措置法第六十六条の四第二十七項」と、「同条第三項」とあるのは「国税通則法第七十条第三項」と、同条第三項中「限る」とあるのは「限り、租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む」と、「同法」とあるのは「国税通則法」と、「又は第一項」とあるのは「、租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定又は第一項」と、「及び第一項」とあるのは「、租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定及び第一項」とする。

１４　第六十六条の四第四項、第八項から第十五項まで及び第二十五項から第三十一項まで並びに前条の規定は、恒久的施設を有する外国法人の内部取引につき、第一項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。

９　第四項の規定の適用がある場合における第四十二条の四第二十二項（第四十二条の六第九項、第四十二条の九第六項、第四十二条の十第六項、第四十二条の十一第七項、第四十二条の十一の二第六項、第四十二条の十一の三第六項、第四十二条の十二第十一項、第四十二条の十二の二第三項、第四十二条の十二の四第九項、第四十二条の十二の五第十項、第四十二条の十二の六第六項又は第四十二条の十二の七第二十一項において準用する場合を含む。）及び地方法人税法の規定の適用については、第四十二条の四第二十二項中「又は第三編第二章第二節（第百四十三条を除く。）の規定」とあるのは「の規定」と、「控除及び」とあるのは「控除、」と、「控除に」とあるのは「控除及び第六十六条の七第四項の規定による法人税の額からの控除に」と、「同法第七十条の二又は第百四十四条の二の三」とあるのは「同条第七項及び同法第七十条の二」と、「法人税法税額控除規定に」とあるのは「第六十六条の七第四項の規定及び法人税法税額控除規定に」と、同法第六条第一項第一号中「まで」とあるのは「まで及び租税特別措置法第六十六条の七第四項」とする。

８　第三項の規定の適用がある場合における第四十二条の四第二十二項（第四十二条の六第九項、第四十二条の九第六項、第四十二条の十第六項、第四十二条の十一第七項、第四十二条の十一の二第六項、第四十二条の十一の三第六項、第四十二条の十二第十一項、第四十二条の十二の二第三項、第四十二条の十二の四第九項、第四十二条の十二の五第十項、第四十二条の十二の六第六項又は第四十二条の十二の七第二十一項において準用する場合を含む。）及び地方法人税法の規定の適用については、第四十二条の四第二十二項中「又は第三編第二章第二節（第百四十三条を除く。）の規定」とあるのは「の規定」と、「控除及び」とあるのは「控除、」と、「控除に」とあるのは「控除及び第六十六条の九の三第三項の規定による法人税の額からの控除に」と、「同法第七十条の二又は第百四十四条の二の三」とあるのは「同条第六項及び同法第七十条の二」と、「法人税法税額控除規定に」とあるのは「第六十六条の九の三第三項の規定及び法人税法税額控除規定に」と、同法第六条第一項第一号中「まで」とあるのは「まで及び租税特別措置法第六十六条の九の三第三項」とする。

第六十六条の十三　青色申告書を提出する法人で新事業開拓事業者（産業競争力強化法第二条第六項に規定する新事業開拓事業者をいう。以下この項において同じ。）と共同して特定事業活動（同条第二十七項に規定する特定事業活動をいう。以下この項及び第九項において同じ。）を行うものとして財務省令で定めるもの（第十三項において「対象法人」という。）が、令和二年四月一日から令和八年三月三十一日までの期間（以下この項において「指定期間」という。）内の日を含む各事業年度（解散の日を含む事業年度及び清算中の各事業年度並びに被合併法人の合併（適格合併を除く。）の日の前日を含む事業年度を除く。）の指定期間内において特定株式（特別新事業開拓事業者（新事業開拓事業者のうち特定事業活動に資する事業を行うものとして財務省令で定める法人をいう。以下この項において同じ。）の株式のうち、資本金の額の増加に伴う払込みにより交付されるものであること又はその取得（購入による取得に限る。）により当該特別新事業開拓事業者の総株主の議決権の百分の五十を超える議決権を有することとなるものであることその他の要件を満たすものとして政令で定めるものをいう。以下この条において同じ。）を取得し、かつ、これをその取得の日を含む事業年度（以下この条において「対象事業年度」という。）終了の日まで引き続き有している場合において、当該特定株式の取得価額（当該取得価額が次の各号に掲げる当該特定株式の区分に応じ当該各号に定める金額を超える場合には、当該金額）の百分の二十五に相当する金額（当該対象事業年度において当該特定株式の帳簿価額を減額した場合には、その減額した金額のうち当該対象事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額に係る部分の金額として政令で定めるところにより計算した金額を控除した金額）以下の金額を当該対象事業年度の確定した決算において各特別新事業開拓事業者別及び次の各号に掲げる特定株式の種類別に特別勘定を設ける方法（当該対象事業年度の決算の確定の日までに剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）により経理したときは、その経理した金額に相当する金額は、当該対象事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。この場合において、当該相当する金額が当該対象事業年度の所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（当該計算した金額が百二十五億円を超える場合には、百二十五億円。以下この項において「所得基準額」という。）を超えるときは、その損金の額に算入する金額は、当該所得基準額を限度とする。

１３　第六十六条の四第八項から第十五項まで及び第二十六項から第三十一項まで並びに第六十六条の四の二の規定は、国外事業所等を有する内国法人の内部取引につき、第一項の規定を適用する場合について準用する。この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。

２　普通法人又は協同組合等が公益法人等に該当することとなつた場合には、その該当することとなつた日に当該公益法人等が設立されたものとみなして、第四十二条の四第一項及び第四項、第四十二条の六第三項、第四十二条の九第二項、第四十二条の十二、第四十二条の十二の四第三項、第四十二条の十二の五、第四十二条の十二の七第八項、第十一項及び第十八項並びに第四十二条の十三第五項の規定その他政令で定める規定を適用する。

４　恒久的施設を有しない外国法人が恒久的施設を有することとなつた場合（その有することとなつた日を含む事業年度前のいずれかの事業年度において恒久的施設を有していた場合に限る。）には、当該外国法人の法人税法第百四十一条第一号イに掲げる国内源泉所得に係る所得の金額の計算については、その有することとなつた日に当該外国法人が設立されたものとみなして、第四十二条の四第一項及び第四項、第四十二条の六第三項、第四十二条の九第二項、第四十二条の十二、第四十二条の十二の四第三項、第四十二条の十二の五、第四十二条の十二の七第八項、第十一項及び第十八項並びに第四十二条の十三第五項の規定その他政令で定める規定を適用する。

２　産業競争力強化法第四十六条の二に規定する特別事業再編を実施する同条の認定特別事業再編事業者が、次に掲げる事項について登記を受ける場合において、当該事項が、同法第二十四条の三第二項に規定する認定特別事業再編計画（同法第二条第十七項に規定する事業再編のうち政令で定めるものについて記載があるものに限る。）に係る同法第二十四条の二第一項又は第二十四条の三第一項の認定に係るものであつて新たな事業の創出及び産業への投資を促進するための産業競争力強化法等の一部を改正する法律（令和六年法律第四十五号）の施行の日から令和九年三月三十一日までの間にされたこれらの認定に係るものであるときは、当該登記に係る登録免許税の税率は、財務省令で定めるところによりこれらの認定の日から二年以内に登記を受けるものに限り、登録免許税法第九条の規定にかかわらず、次の各号に掲げる事項の区分に応じ、当該各号に定める割合とする。

一　合併による資本金の額の増加　イ又はロに掲げる部分の区分に応じイ又はロに定める割合

二　分割による資本金の額の増加（これらの認定により増加した資本金の額のうち三千億円を超える部分を除く。）　千分の三

３　この節に規定する小型自動車及び軽自動車の別は、道路運送車両法第三条に定めるところによる。