６　法第四条の五第二項に規定する民間の団体が行う公益を目的とする事業に資する特定寄附金として政令で定めるものは、所得税法第七十八条第二項に規定する特定寄附金のうち、法第四十一条の十八の三第一項第一号イからニまでに掲げる法人に対するもの及び所得税法第七十八条第二項第四号に掲げるもの並びに法第四十一条の十八の二第一項の規定により所得税法第七十八条第二項に規定する特定寄附金とみなされたものとする。

五　当該信託の信託財産から最初に寄附金を支出する日の前日までに、当該信託の受託者がその対象特定寄附金に係る法人又は所得税法第十一条第二項に規定する公益信託の受託者との間で寄附に関する契約（寄附金を支出する日、寄附金額の算定方法その他の財務省令で定める事項の定めがあるものに限る。）を締結すること。

第十六条の二　法第二十四条の二第一項第一号に規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画等に記載された次に掲げる固定資産の取得に充てるための金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。

３　法第二十四条の三第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項各号に掲げる金額のうちいずれか少ない金額に相当する金額（当該金額が農用地等（同項に規定する農用地等をいう。第六項において同じ。）の取得に要した金額を超える場合には、当該取得に要した金額に相当する金額）とする。

４　法第二十四条の三第一項第一号ロに規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画等に記載された前条第一項各号に掲げる固定資産の取得に充てるための金額であつて法第二十四条の二第一項の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかつた金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。

第二十二条の九　法第三十四条の三第二項第一号に規定する農地保有の合理化のために土地等を譲渡した場合として政令で定める場合は、農業経営基盤強化促進法第五条第三項に規定する農地中間管理機構（公益社団法人（その社員総会における議決権の総数の二分の一以上の数が地方公共団体により保有されているものに限る。）又は公益財団法人（その設立当初において拠出をされた金額の二分の一以上の金額が地方公共団体により拠出をされているものに限る。）であつて、その定款において、その法人が解散した場合にその残余財産が地方公共団体又は当該法人と類似の目的をもつ他の公益を目的とする事業を行う法人に帰属する旨の定めがあるものに限る。）に対し、同法第七条の規定により当該農地中間管理機構が行う事業（同条第一号に掲げるものに限る。）のために農地法第二条第一項に規定する農地（同法第四十三条第一項の規定により農作物の栽培を耕作に該当するものとみなして適用する同法第二条第一項に規定する農地を含む。以下この条において「農地」という。）若しくは採草放牧地で農業振興地域の整備に関する法律（昭和四十四年法律第五十八号）第八条第二項第一号に規定する農用地区域として定められている区域内にあるもの、当該区域内にある土地で開発して農地とすることが適当なもの若しくは当該区域内にある土地で同号に規定する農業上の用途区分が同法第三条第四号に規定する農業用施設の用に供することとされているもの（農地の保全又は利用上必要な施設で財務省令で定めるものの用に供する土地を含む。）又はこれらの土地の上に存する権利を譲渡した場合（法第三十四条の三第二項第二号に掲げる場合に該当する場合を除く。）とする。

三　居住者又は恒久的施設を有する非居住者が贈与（公益信託に関する法律（令和六年法律第三十号）第二条第一項第一号に規定する公益信託（以下この号において「公益信託」という。）の受託者に対するもの（その信託財産とするためのものに限る。）を除く。以下この号、次号及び次項において同じ。）、相続（限定承認に係るものを除く。以下この号、次号及び同項において同じ。）又は遺贈（公益信託の受託者に対するもの（その信託財産とするためのものに限る。）及び包括遺贈のうち限定承認に係るものを除く。以下この号、次号及び同項において同じ。）により取得した当該贈与をした者、当該相続に係る被相続人又は当該遺贈に係る包括遺贈者の開設していた特定口座に係る特定口座内保管上場株式等であつた上場株式等、法第三十七条の十四第五項第一号に規定する非課税口座（以下この項及び第十九項において「非課税口座」という。）に係る同条第一項に規定する非課税口座内上場株式等（以下この項において「非課税口座内上場株式等」という。）であつた上場株式等若しくは法第三十七条の十四の二第五項第一号に規定する未成年者口座（以下この項及び第十九項において「未成年者口座」という。）に係る同条第一項に規定する未成年者口座内上場株式等（以下この項において「未成年者口座内上場株式等」という。）であつた上場株式等又は特定口座以外の口座（非課税口座及び未成年者口座を除く。次号及び次項において「相続等一般口座」という。）に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、若しくは当該口座に保管の委託がされていた上場株式等（引き続きこれらの口座（以下この号において「相続等口座」という。）に係る振替口座簿に記載若しくは記録がされ、又は当該相続等口座に保管の委託がされているものに限る。以下この号において同じ。）で、当該相続等口座からの当該相続等口座が開設されている金融商品取引業者等に開設されている当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者の特定口座への移管により受け入れるもの（次に掲げる上場株式等の区分に応じ、それぞれ次に定める要件を満たすものに限る。）

２６　居住者又は恒久的施設を有する非居住者が開設する特定口座に係る特定口座内保管上場株式等を発行した法人又は当該特定口座に係る特定口座内保管上場株式等である特定受益証券発行信託の受益権に係る特定受益証券発行信託の受託者は、次の各号に掲げる場合に該当する場合には、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に対し、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める事項その他特定口座内保管上場株式等の取得価額の計算に関し参考となるべき事項を通知しなければならない。

二　法第三十七条の十第三項第四号又は第三十七条の十一第四項第一号から第三号までに規定する事由による上場株式等の譲渡について、当該譲渡に係る金銭及び金銭以外の資産の交付が非課税口座を開設する金融商品取引業者等の営業所を経由して行われる方法

第二十五条の十七　法第四十条第一項後段の規定の適用を受けようとする者は、贈与又は遺贈（同項後段に規定する贈与又は遺贈をいう。以下この条において同じ。）により同項後段に規定する財産（以下この条において「財産」という。）を取得する同項後段に規定する公益法人等（以下この条において「公益法人等」という。）の事業の目的、当該贈与又は遺贈に係る財産の内容その他の財務省令で定める事項を記載した申請書に、当該公益法人等が当該申請書に記載された事項を確認したことを証する書類を添付して、当該贈与又は遺贈のあつた日から四月以内（当該期間の経過する日前に当該贈与があつた日の属する年分の所得税の確定申告書の提出期限が到来する場合には、当該提出期限まで）に、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。この場合において、当該期間内に当該申請書の提出がなかつたこと又は当該書類の添付がなかつたことにつき国税庁長官においてやむを得ないと認める事情があり、かつ、当該贈与又は遺贈に係る山林所得、譲渡所得又は雑所得につき国税通則法第二十四条から第二十六条までの規定による更正又は決定を受ける日の前日までに当該申請書又は書類の提出があつたときは、当該期間内に当該申請書の提出又は当該書類の添付があつたものとする。

二　当該贈与又は遺贈に係る公益法人等の法第四十条第一項後段に規定する公益目的事業（以下この条において「公益目的事業」という。）の用に直接供する施設につき、所得税法第二条第一項第二十七号に規定する災害があつた場合において、その復旧を図るために当該財産を譲渡したとき　その災害を受けた施設（災害により滅失した場合には、当該施設に代わるべき当該施設と同種の施設）の用に供する減価償却資産、土地及び土地の上に存する権利

六　当該財産のうち、第七項の規定の適用を受けて行われた贈与若しくは遺贈に係るもの又は法第四十条第五項第二号に規定する特定買換資産で、第七項第二号イ、ロ（２）若しくはハからヘまでに規定する方法でこれらの規定に規定する要件を満たすもの（以下この条において「特定管理方法」という。）により管理されていたものの譲渡をしたとき　当該譲渡をした財産に代わるべき資産として財務省令で定めるもので引き続き当該特定管理方法により管理されるもの

５　法第四十条第一項後段に規定する政令で定める要件は、次に掲げる要件（同項後段の贈与又は遺贈が法人税法別表第一に掲げる独立行政法人、国立大学法人、大学共同利用機関法人、地方独立行政法人（地方独立行政法人法第二十一条第一号に掲げる業務、同条第三号チに掲げる事業に係る同号に掲げる業務、同条第四号に掲げる業務、同条第五号に掲げる業務若しくは地方独立行政法人法施行令第六条第一号に掲げる介護老人保健施設若しくは介護医療院若しくは同条第三号に掲げる博物館、美術館、植物園、動物園若しくは水族館に係る同法第二十一条第六号に掲げる業務を主たる目的とするもの又は同法第六十八条第一項に規定する公立大学法人に限る。）、日本司法支援センター及び国立健康危機管理研究機構に対するもの（法第四十条第一項第二号に規定する公益信託の信託財産とするためのものを除く。）である場合には、第二号に掲げる要件）とする。

６　贈与又は遺贈が、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める要件を満たすときは、前項第三号の所得税又は贈与税若しくは相続税の負担を不当に減少させる結果とならないと認められるものとする。

一　次号に掲げる場合以外の場合　次に掲げる要件の全てを満たす公益法人等に対するものであること。

イ　その運営組織が適正であるとともに、その寄附行為、定款又は規則において、その理事、監事、評議員その他これらの者に準ずるもの（以下この号及び次項第一号において「役員等」という。）のうち親族関係を有する者及びこれらと次に掲げる特殊の関係がある者（ロ、次号ハ及び同項第一号において「親族等」という。）の数がそれぞれの役員等の数のうちに占める割合は、いずれも三分の一以下とする旨の定めがあること。

ロ　その公益法人等に財産の贈与若しくは遺贈をする者、その公益法人等の役員等若しくは社員又はこれらの者の親族等に対し、施設の利用、金銭の貸付け、資産の譲渡、給与の支給、役員等の選任その他財産の運用及び事業の運営に関して特別の利益を与えないこと。

ハ　その寄附行為、定款又は規則において、その公益法人等が解散した場合にその残余財産が国若しくは地方公共団体又は他の公益法人等に帰属する旨の定めがあること。

ニ　その公益法人等につき公益に反する事実がないこと。

二　法第四十条第一項第二号に規定する公益信託（以下この条において「公益信託」という。）の信託財産とするためのものである場合　次に掲げる要件（その公益信託の受託者（その公益信託の受託者が二以上ある場合には、その公益信託の全ての受託者）が同項第一号に掲げる者（前号イに掲げる要件を満たすものに限る。）その他の財務省令で定める者である場合には、ロに掲げる要件を除く。）の全てを満たす公益信託の信託財産とするためのものであること。

７　法第四十条第一項後段の贈与又は遺贈が、公益法人等（国立大学法人等（国立大学法人、大学共同利用機関法人、公立大学法人、独立行政法人国立高等専門学校機構、国立研究開発法人及び国立健康危機管理研究機構をいう。以下この項において同じ。）、公益社団法人、公益財団法人、学校法人（私立学校法（昭和二十四年法律第二百七十号）第三条に規定する学校法人をいい、同法第百五十二条第五項の規定により設立された法人を含む。第二号ハにおいて同じ。）、社会福祉法人、認定特定非営利活動法人等（特定非営利活動促進法（平成十年法律第七号）第二条第三項に規定する認定特定非営利活動法人及び同条第四項に規定する特例認定特定非営利活動法人をいう。第二号ホにおいて同じ。）又は公益信託の受託者に限る。以下この項において同じ。）に対するものである場合において、次に掲げる要件を満たすものであることを証する書類として財務省令で定める書類を添付した第一項の規定による申請書（当該公益法人等が当該贈与又は遺贈に係る財産について、特定管理方法により管理することとする旨又は同号ロ（１）に規定する不可欠特定財産として同号ロ（１）に規定する定款の定めを設けることとする旨の記載のあるものに限る。）の提出があつたときは、法第四十条第一項後段に規定する要件は、次に掲げる要件（国立大学法人等（法人税法別表第一に掲げる法人に限り、当該贈与又は遺贈が公益信託の信託財産とするためのものである場合における当該国立大学法人等を除く。次項及び第十三項第三号において「特定国立大学法人等」という。）にあつては、第二号及び第三号に掲げる要件）とする。

一　当該贈与又は遺贈をした者が当該公益法人等の役員等及び社員並びにこれらの者の親族等（当該贈与又は遺贈が公益信託の信託財産とするためのものである場合には、当該公益信託の受託者及び公益信託に関する法律第四条第二項第二号に規定する信託管理人並びにこれらの者（個人に限る。）の親族等）に該当しないこと。

二　次に掲げる当該贈与又は遺贈（当該贈与又は遺贈がイからホまでに掲げる公益法人等に対するものである場合には、公益信託の信託財産とするためのものを除く。）を受けた公益法人等の区分に応じそれぞれ次に定める要件

イ　国立大学法人等　当該贈与又は遺贈を受けた財産（当該財産につき譲渡があつた場合には、当該譲渡による収入金額の全部に相当する金額をもつて取得した資産（財務省令で定めるものに限る。）を含む。）が、関係大臣（内閣総理大臣、総務大臣、財務大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣、農林水産大臣、経済産業大臣、国土交通大臣及び環境大臣をいう。以下この号及び第四十二項において同じ。）が財務大臣と協議して定める業務に充てるために関係大臣が財務大臣と協議して定める方法により管理されることにつき、関係大臣が財務大臣と協議して定める所轄庁に確認されていること。

一　法第四十条第一項後段の贈与又は遺贈が、公益法人等（法人税法別表第一に掲げる独立行政法人又は地方独立行政法人法施行令第六条第三号に掲げる博物館若しくは美術館に係る地方独立行政法人法第二十一条第六号に掲げる業務を主たる目的とする地方独立行政法人に限る。以下この号において同じ。）に対するもの（公益信託の信託財産とするためのものを除く。）である場合において、当該贈与又は遺贈につき第一項の申請書（当該贈与又は遺贈に係る財産で文化財保護法第二条第一項第一号に規定する有形文化財（建造物であるもの並びに土地と一体をなしてその価値を形成しているもの及び当該土地であるものを除く。）に該当するものが、当該贈与又は遺贈があつた日から二年を経過する日までの期間内に文化観光拠点施設を中核とした地域における文化観光の推進に関する法律（令和二年法律第十八号）第六条に規定する認定拠点計画に記載された同法第二条第三項に規定する文化観光拠点施設機能強化事業（同項第一号に掲げる事業に限る。）又は同法第十四条に規定する認定地域計画に記載された同法第二条第四項に規定する地域文化観光推進事業（同項第一号に掲げる事業に限る。）のうち公益目的事業に該当するものでこれらの計画について同法第六条又は第十四条に規定する認定を受けた当該公益法人等の有する同法第二条第二項に規定する文化観光拠点施設において当該公益法人等が行うものの用に直接供され、又は供される見込みであることを証する文部科学大臣の書類の添付があるものに限る。）の提出があつたとき。

９　第七項の申請書（同項の書類の添付があるものに限る。）を提出した者で当該申請の承認があつたものは、同項に規定する公益法人等の当該贈与又は遺贈をした日の属する事業年度（法第二条第二項第十九号に規定する事業年度（当該贈与又は遺贈が公益信託の信託財産とするためのものである場合には、信託事務年度）をいう。）において、当該贈与又は遺贈に係る第七項第二号イ、ロ（２）若しくはハからヘまでに規定する財産が特定管理方法により管理されたこと又は不可欠特定財産について同号ロ（１）に規定する定款の定めが設けられたことが確認できる書類として財務省令で定めるものを、当該事業年度終了の日から三月以内（当該期間の経過する日後に当該申請書に係る第一項の規定による提出期限が到来する場合には、当該提出期限まで）に、第一項の税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

１２　法第四十条第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈に係る同項後段の承認につき同条第二項の規定による取消しがあつた場合には、当該贈与又は遺贈があつた時に、その時における価額に相当する金額により、当該贈与又は遺贈に係る財産の譲渡があつたものとして、同項後段に規定する贈与又は遺贈に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算し、当該贈与をした者の当該承認が取り消された日の属する年分（その日までに当該贈与をした者が死亡していた場合には、死亡の日の属する年分。第十六項及び第四十一項において同じ。）又は当該遺贈をした者の当該遺贈があつた日の属する年分の所得として、所得税を課する。

１４　公益法人等（法第四十条第三項に規定する財産等（以下この項において「財産等」という。）を特定管理方法により管理している又は管理していた公益法人等に限る。以下この項において同じ。）が次の各号のいずれかに該当することとなつた場合には、当該公益法人等（第二号に該当することとなつた場合における第七項第二号イ、ロ、ホ又はヘに掲げる公益法人等を除く。）は、遅滞なく、次の各号に定める事項を記載した届出書を当該公益法人等の本店又は主たる事務所の所在地（当該公益法人等が個人である場合には、当該公益法人等の納税地。以下この項において同じ。）の所轄税務署長を経由して国税庁長官に提出しなければならず、第二号に規定する所轄庁は、遅滞なく、同号に定める事項を、書面により、当該公益法人等の本店又は主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して国税庁長官に通知しなければならない。この場合において、第一号の公益法人等が同条第一項第二号に規定する公益信託の受託者であるとき（当該公益信託の受託者が二以上ある場合に限る。）は、その同条第四項第四号に規定する主宰受託者が第一号に定める事項を記載した届出書を提出しなければならない。

二　当該公益法人等が財産等を特定管理方法により管理しなくなつた場合（第七項第二号イ、ロ、ホ又はヘに掲げる公益法人等にあつては、当該公益法人等が財産等を特定管理方法により管理しなくなつた場合において、当該公益法人等の同号イ、ロ（２）、ホ又はヘに規定する所轄庁が当該事実を知つたとき）　当該事実その他参考となるべき事項

１６　法第四十条第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈に係る同項後段の承認につき同条第三項の規定による取消しがあつた場合には、当該贈与又は遺贈があつた時に、その時における価額に相当する金額により、当該贈与又は遺贈に係る財産の譲渡があつたものとして、同項後段に規定する財産に係る山林所得の金額、譲渡所得の金額又は雑所得の金額を計算し、当該承認に係る公益法人等（同条第四項第四号の規定の適用がある場合には、同号に規定する主宰受託者。以下第十八項まで及び第三十九項において同じ。）の当該承認が取り消された日の属する年分（遺贈の場合には当該遺贈があつた日の属する年分とし、当該公益法人等が当該承認が取り消された日の属する年以前に解散又は死亡をした場合には当該解散の日（当該解散が合併による解散である場合には、当該合併の日の前日）又は死亡の日の属する年分とする。）の所得として、所得税を課する。この場合において、当該公益法人等（個人を除く。）の住所は、その本店又は主たる事務所の所在地にあるものとする。

２１　法第四十条第六項に規定する特定贈与等（次項、第二十五項及び第三十三項において「特定贈与等」という。）を受けた公益法人等が、同条第六項に規定する合併により同項に規定する財産等を同項に規定する公益合併法人に移転しようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、当該合併の日の前日までに、同項に規定する書類に、当該公益合併法人が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該公益法人等の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

２２　特定贈与等を受けた公益法人等が、法第四十条第七項に規定する解散による残余財産の分配又は引渡しにより同項に規定する財産等を同項に規定する他の公益法人等に移転し、又は同項に規定する公益信託の信託財産としようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、当該解散の日の前日までに、同項に規定する書類に、同項に規定する解散引継法人等が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該公益法人等の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

２３　法第四十条第八項に規定する当初法人が、同項の規定により同項に規定する引継財産（次項において「引継財産」という。）を同条第八項に規定する他の公益法人等に贈与し、又は同項に規定する公益信託の信託財産としようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、同項に規定する贈与等の日の前日までに、同項に規定する書類に、同項に規定する引継法人等が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該当初法人の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

２４　法第四十条第八項に規定する政令で定める部分は、引継財産の次の各号に掲げる区分に応じ当該各号に定めるものとする。

一　法第四十条第八項に規定する財産等　当該財産等

二　前号に掲げる引継財産以外の引継財産　法第四十条第八項に規定する公益目的取得財産残額を基礎として財務省令で定めるところにより計算した金額に相当する額の資産

２５　特定贈与等を受けた法第四十条第九項に規定する特定一般法人が、同項の規定により同項に規定する財産等を同項に規定する他の公益法人等に贈与し、又は同項に規定する公益信託の信託財産としようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、同項に規定する贈与等の日の前日までに、同項に規定する書類に、同項に規定する受贈公益法人等が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該特定一般法人の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

２６　第二十一項の規定は、法第四十条第十項に規定する譲渡法人が同項の規定により同項に規定する財産等を同項に規定する譲受法人に贈与をしようとする場合について準用する。

２７　法第四十条第十項に規定する幼稚園又は保育所等を設置する者に係る政令で定める要件は、同項に規定する特定贈与等を受けた公益法人等の次の各号に掲げる者の区分に応じ当該各号に定める要件とする。

２８　法第四十条第十項に規定する幼保連携型認定こども園、幼稚園又は保育所等を設置しようとする者に係る政令で定める要件は、同項に規定する他の公益法人等の次の各号に掲げる者の区分に応じ当該各号に定める要件とする。

２９　法第四十条第十一項に規定する政令で定める場合は、同条第一項後段の規定の適用を受けて行われた贈与又は遺贈につき第十三項第二号に掲げる事実が生じたことにより、国税庁長官が同条第一項後段の承認を取り消すことができる場合とする。

３０　法第四十条第十一項に規定する当初受託者が、同項に規定する任務終了事由等により同項に規定する財産等を同項に規定する引継受託者に移転しようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、同項に規定する認可又は届出の日の前日までに、同項に規定する書類に、当該引継受託者が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該当初受託者の本店又は主たる事務所の所在地（当該当初受託者が個人である場合には、当該当初受託者の納税地）の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

３１　第二十九項の規定は、法第四十条第十二項に規定する政令で定める場合について準用する。

３２　法第四十条第十二項に規定する当初公益信託の受託者が、同項に規定する公益信託の終了により同項に規定する財産等を同項に規定する他の公益法人等に移転し、又は同項に規定する他の公益信託の信託財産としようとする場合において、同項の規定の適用を受けようとするときは、当該公益信託の終了の日の前日までに、同項に規定する書類に、同項に規定する帰属権利者が同項の規定の適用を受けることを確認したことを証する書類を添付して、これを当該当初公益信託の受託者の本店又は主たる事務所の所在地（当該当初公益信託の受託者が個人である場合には、当該当初公益信託の受託者の納税地）の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

３３　法第四十条第十三項に規定する公益合併法人が、特定贈与等を受けた公益法人等から同条第六項に規定する合併により資産の移転を受けた場合において、同条第十三項の規定の適用を受けようとするときは、当該資産が当該特定贈与等に係る同項に規定する財産等であることを知つた日の翌日から二月を経過した日の前日までに、同項に規定する書類に、当該資産が当該特定贈与等を受けた公益法人等から当該合併により移転を受けたものであることを明らかにする書類を添付して、これを当該公益合併法人の主たる事務所の所在地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならない。

３４　前項の規定は、法第四十条第八項に規定する引継法人等が同項に規定する当初法人から同項に規定する引継財産の贈与を受けた場合又は同項に規定する引継財産を同項に規定する公益信託の信託財産として受け入れた場合、同条第九項に規定する受贈公益法人等が同項に規定する特定一般法人から同項に規定する財産等の贈与を受けた場合又は同項に規定する財産等を同項に規定する公益信託の信託財産として受け入れた場合、同条第十項に規定する譲受法人が同項に規定する譲渡法人から同項に規定する財産等の贈与を受けた場合及び同条第十一項に規定する引継受託者が同項に規定する当初受託者から同項に規定する任務終了事由等により同項に規定する財産等の移転を受けた場合について準用する。この場合において、当該引継法人等が当該当初法人から当該引継財産を当該公益信託の信託財産として受け入れた場合について準用するときは、前項中「主たる事務所の所在地」とあるのは、「本店又は主たる事務所の所在地（当該引継法人等が個人である場合には、当該引継法人等の納税地）」と、当該受贈公益法人等が当該特定一般法人から当該財産等を当該公益信託の信託財産として受け入れた場合について準用するときは、同項中「主たる事務所の所在地」とあるのは、「本店又は主たる事務所の所在地（当該受贈公益法人等が個人である場合には、当該受贈公益法人等の納税地）」と、当該引継受託者が当該当初受託者から当該任務終了事由等により当該財産等の移転を受けた場合について準用するときは、同項中「主たる事務所の所在地」とあるのは、「本店又は主たる事務所の所在地（当該引継受託者が個人である場合には、当該引継受託者の納税地）」と、それぞれ読み替えるものとする。

３５　法第四十条第十五項の規定により読み替えて適用される同条第五項後段に規定する政令で定める事業は、同条第十項に規定する譲受法人又は同条第十四項に規定する譲受法人の第二十八項各号に規定する認可又は届出に係る幼保連携型認定こども園を設置し、運営する事業とする。

２　法第四十条の四第一項各号に掲げる居住者は、前項の規定にかかわらず、外国関係会社の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、当該外国関係会社の本店所在地国の法人所得税（外国における各対象会計年度（法人税法第十五条の二に規定する対象会計年度をいう。以下この項において同じ。）の国際最低課税額に対する法人税、各対象会計年度の国際最低課税残余額に対する法人税及び各対象会計年度の国内最低課税額に対する法人税に相当する税を除く。）に関する法令（当該法人所得税に関する法令が二以上ある場合には、そのうち主たる法人所得税に関する法令）の規定（企業集団等所得課税規定（第三十九条の十五第六項に規定する企業集団等所得課税規定をいう。第五項第二号及び第二十五条の二十二の二第二項第二号において同じ。）を除く。以下この項及び第二十五条の二十二の二第二項第三号において「本店所在地国の法令の規定」という。）により計算した所得の金額（当該外国関係会社と当該外国関係会社に係る法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人との間の取引につき法第六十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該取引が同項に規定する独立企業間価格で行われたものとして本店所在地国の法令の規定により計算した場合に算出される所得の金額）に当該所得の金額に係る第三十九条の十五第二項第一号から第十三号までに掲げる金額の合計額を加算した金額から当該所得の金額に係る同項第十四号から第十六号まで及び第十八号に掲げる金額の合計額を控除した残額（本店所在地国の法令の規定により計算した金額が欠損の金額となる場合には、当該計算した金額に係る同項第一号から第十三号までに掲げる金額の合計額から当該欠損の金額に当該計算した金額に係る同項第十四号から第十六号まで及び第十八号に掲げる金額の合計額を加算した金額を控除した残額）をもつて法第四十条の四第二項第四号に規定する政令で定める基準により計算した金額とすることができる。

三　法人税法第六十一条の二第二十一項に規定する有価証券の空売りに相当する取引に係るみなし決済損益額（同法第六十一条の四第一項に規定するみなし決済損益額に相当する金額をいう。以下この項において同じ。）

四　法人税法第六十一条の二第二十二項に規定する信用取引に相当する取引に係るみなし決済損益額

五　法人税法第六十一条の二第二十二項に規定する発行日取引に相当する取引に係るみなし決済損益額

イ　当該適用年において当該適用控除対象特定新規株式以外の適用控除対象特定新規株式（ロにおいて「他の適用控除対象特定新規株式」という。）がない場合　当該適用控除対象特定新規株式の適用対象額（当該適用対象額が八百万円を超える場合には八百万円とし、当該適用対象額に当該適用年において支出した特定寄附金等の金額（所得税法第七十八条第二項に規定する特定寄附金の額及び法第四十一条の十八第一項又は第四十一条の十八の二第一項の規定により当該特定寄附金とみなされたものの額の合計額をいう。以下この号において同じ。）を加算した金額が、当該居住者又は恒久的施設を有する非居住者の当該適用年の年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額の百分の四十に相当する金額（以下この号において「基準額」という。）を超える場合には、当該基準額から当該特定寄附金等の金額を控除した残額とする。）から二千円を控除した残額

３５　法第四十二条の四第八項第六号ロ又は第七号（これらの規定を同条第十八項において準用する場合を含む。）の規定の適用がある場合における法人税法第二編第一章（第二節を除く。）及び第五章並びに地方法人税法（平成二十六年法律第十一号）第二章第三節及び第五章の規定の適用については、次に定めるところによる。

第二十七条の十四　法第四十二条の十四第一項又は第四項の規定の適用がある場合における法人税法第二編第一章（第二節を除く。）及び第五章並びに地方法人税法第二章第三節及び第五章の規定の適用については、次に定めるところによる。

１５　法第五十八条第八項の規定の適用を受けた法人が、同項に規定する適格分割又は適格現物出資（第一号及び第二号において「適格分割等」という。）の日を含む事業年度において、同条第一項の規定の適用を受ける場合における次の各号に掲げる金額は、当該各号に定める金額とする。

第三十七条の二　法第六十一条の二第一項第一号に規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画に記載された次に掲げる固定資産の取得に充てるための金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。

３　法第六十一条の三第一項第一号ロに規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画に記載された前条第一項各号に掲げる固定資産の取得に充てるための金額であつて法第六十一条の二第一項の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかつた金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。

５　法第六十一条の三第一項の規定の適用を受けた農用地等（同項に規定する農用地等をいう。以下この条において同じ。）について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該農用地等の取得価額に算入しない。

５　法第六十二条第一項の規定の適用がある場合における法人税法第二編第一章（第二節を除く。）及び第五章並びに第三編第二章（第二節を除く。）並びに地方法人税法第二章第三節及び第五章の規定の適用については、次に定めるところによる。

２　法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人は、前項の規定にかかわらず、外国関係会社の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、当該外国関係会社の本店所在地国の法人所得税（外国における各対象会計年度（法人税法第十五条の二に規定する対象会計年度をいう。以下この項並びに第三十九条の十七の二第二項第一号イ及びロにおいて同じ。）の国際最低課税額に対する法人税、各対象会計年度の国際最低課税残余額に対する法人税及び各対象会計年度の国内最低課税額に対する法人税に相当する税を除く。第一号において同じ。）に関する法令（当該法人所得税に関する法令が二以上ある場合には、そのうち主たる法人所得税に関する法令）の規定（企業集団等所得課税規定を除く。以下この項において「本店所在地国の法令の規定」という。）により計算した所得の金額（当該外国関係会社と当該内国法人との間の取引につき法第六十六条の四第一項の規定の適用がある場合には、当該取引が同項に規定する独立企業間価格で行われたものとして本店所在地国の法令の規定により計算した場合に算出される所得の金額）に当該所得の金額に係る第一号から第十三号までに掲げる金額の合計額を加算した金額から当該所得の金額に係る第十四号から第十八号までに掲げる金額の合計額を控除した残額（本店所在地国の法令の規定により計算した金額が欠損の金額となる場合には、当該計算した金額に係る第一号から第十三号までに掲げる金額の合計額から当該欠損の金額に当該計算した金額に係る第十四号から第十八号までに掲げる金額の合計額を加算した金額を控除した残額）をもつて法第六十六条の六第二項第四号に規定する政令で定める基準により計算した金額とすることができる。

イ　ロに掲げる外国関係会社以外の外国関係会社　当該外国関係会社の各事業年度の決算に基づく所得の金額につき、その本店所在地国の外国法人税（外国における各対象会計年度の国内最低課税額に対する法人税に相当する税を除く。（１）において同じ。）に関する法令（当該外国法人税に関する法令が二以上ある場合には、そのうち主たる外国法人税に関する法令）の規定（企業集団等所得課税規定（第三十九条の十五第六項に規定する企業集団等所得課税規定をいう。以下この項において同じ。）を除く。以下この項において「本店所在地国の法令の規定」という。）により計算した所得の金額に当該所得の金額に係る（１）から（５）までに掲げる金額の合計額を加算した金額から当該所得の金額に係る（６）に掲げる金額を控除した残額

ロ　法人の所得に対して課される税（外国における各対象会計年度の国際最低課税額に対する法人税、各対象会計年度の国際最低課税残余額に対する法人税及び各対象会計年度の国内最低課税額に対する法人税に相当する税を除く。）が存在しない国又は地域に本店又は主たる事務所を有する外国関係会社　当該外国関係会社の各事業年度の決算に基づく所得の金額に当該所得の金額に係る（１）から（４）までに掲げる金額の合計額を加算した金額から当該所得の金額に係る（５）及び（６）に掲げる金額の合計額を控除した残額

三　法人税法第六十一条の二第二十一項に規定する有価証券の空売りに相当する取引に係るみなし決済損益額（同法第六十一条の四第一項に規定するみなし決済損益額に相当する金額をいう。以下この項において同じ。）

四　法人税法第六十一条の二第二十二項に規定する信用取引に相当する取引に係るみなし決済損益額

五　法人税法第六十一条の二第二十二項に規定する発行日取引に相当する取引に係るみなし決済損益額

第三十九条の二十三　法第六十六条の十一の三第一項に規定する認定特定非営利活動法人である法人の各事業年度において同項の規定により読み替えて適用される法人税法第三十七条第六項の規定によりその収益事業に係る寄附金の額とみなされる金額がある場合における法人税法施行令第七十三条第一項の規定の適用については、同項第三号ロ中「又は医療法」とあるのは「、医療法」と、「規定する社会医療法人」とあるのは「規定する社会医療法人又は租税特別措置法第六十六条の十一の三第一項（認定特定非営利活動法人に対する寄附金の損金算入等の特例）に規定する認定特定非営利活動法人」とする。

５　法第六十七条の十六第一項の規定の適用がある場合における法人税法施行令第二百三条第一項及び第二百十三条第一項の規定の適用については、これらの規定中「規定は、」とあるのは、「規定は、租税特別措置法第六十七条の十六第一項（外国組合員に対する課税の特例）の規定並びに」とする。

第四十条の三　法第六十九条の六第一項に規定する政令で定める法人は、相続等（相続若しくは同項に規定する遺贈（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。）又は贈与（贈与をした者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。）をいう。以下この条において同じ。）により財産を取得した者が当該相続等によりその法人の株式又は出資を取得した時において、当該法人の保有していた資産の価額（当該取得した時における時価をいう。以下この項において同じ。）の合計額のうちに占める法第六十九条の六第一項に規定する特定地域内にあつた動産（金銭及び有価証券を除く。）、不動産、不動産の上に存する権利及び立木（第三項第二号において「動産等」という。）の価額の合計額の割合が十分の三以上である法人とする。

第四十条の四　法第七十条第一項に規定する政令で定める法人は、次に掲げる法人とする。

一　独立行政法人

二　国立健康危機管理研究機構、自動車安全運転センター、日本司法支援センター、日本私立学校振興・共済事業団、日本赤十字社及び福島国際研究教育機構

三　公益社団法人及び公益財団法人

四　私立学校法第三条に規定する学校法人で学校（学校教育法第一条に規定する学校及び就学前の子どもに関する教育、保育等の総合的な提供の推進に関する法律第二条第七項に規定する幼保連携型認定こども園をいう。以下この号において同じ。）の設置若しくは学校及び専修学校（学校教育法第百二十四条に規定する専修学校で財務省令で定めるものをいう。以下この号において同じ。）の設置を主たる目的とするもの又は私立学校法第百五十二条第五項の規定により設立された法人で専修学校の設置を主たる目的とするもの

五　社会福祉法人

六　更生保護法人

第四十六条の五　消費税法施行令第二十七条及び第二十八条の規定は、法第八十六条の七第一項の規定を法第八十五条から第八十六条の六まで及び第四十五条から前条までにおいて適用する場合について準用する。

３　第一項の紙巻たばこを輸入する者は、たばこ税法第十八条第二項に規定する申告書を提出する際に、前項の規定により還付された申告書を同条第二項に規定する税関長に提出しなければならない。

第五十五条　第十九条第十一項及び第十二項第四号、第十九条の六第三項、第二十五条の四第二項及び第十七項並びに第三十八条の五第九項及び第十項第四号の規定により都道府県が処理することとされている事務は、地方自治法第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。