（別払運賃がある場合における課税標準に算入すべき運賃の計算の特例）
１０－１－２１ 法第28条第4項（保税地域から引き取られる課税貨物に係る消費税の課税標準）に掲げる課税標準に含まれるべき運賃の一部に、運送の終了後相当の期間が経過しなければ確定しない部分（以下10-1-21において「別払運賃」という。）の発生が通常見込まれている場合において、課税貨物を保税地域から引き取る者が、その引き取ろうとする課税貨物の数量に相当する数値に別払運賃の平均額を乗じた額を別払運賃以外の運賃の額に加算し、当該加算後の金額を当該課税標準に算入しているときは、その者が次のいずれにも該当する場合に限り、当該金額を当該課税標準に算入すべき運賃の額として取り扱って差し支えない。（平27課消1-17により改正）
（１） 別払運賃の平均額を用いる運賃の計算方法を継続的に採用して納税申告する旨及び届出の日の属する月の翌月から3か月間、6か月間又は1年間の納税申告において用いる別払運賃の平均額を納税地を管轄する税関長（沖縄地区税関長を含む。以下10-1-21において同じ。）に届け出ること。
（２） 前号の届出の日から3か月、6か月又は1年を経過するごとにそれぞれその後3か月間、6か月間又は1年間の納税申告において用いる別払運賃の平均額を同号の税関長に届け出ること。
（３） （1）の届出の日から1年を経過するごとに、当該1年間における別払運賃の確定額を同号の税関長に報告すること。
（注）
１ 別払運賃の平均額とは、原則として、（1）又は（2）の届出の日の属する月の前月以前1年間における別払運賃の確定額を当該期間における課税貨物の運送数量に相当する数値で除して得た額をいうものとする。
２ 現実に確定した運賃の額と別払運賃の平均額により計算した金額とが相当程度に相違することとなった場合には、修正申告書の提出又は更正により課税標準を是正することができるのであるから留意する。