（国又は地方公共団体の特別会計が受け入れる補助金等の使途の特定方法）
１６－２－２ 国又は地方公共団体の特別会計において、資産の譲渡等の対価以外の収入がある場合における令第75条第1項第6号及び同条第4項（国、地方公共団体等の仕入れに係る消費税額の特例）の規定による使途の特定の方法は、次による。（平14年課消1-48、平20年課消1-2、平23課消1-35、令5課消2-9により改正）
（注） 「使途の特定」とは、同条第1項第6号及び同条第4項に規定する「……のためにのみ使用することとされている……」に該当することとなる場合をいう。
（１） 法令又は交付要綱等により補助金等の使途が明らかにされている場合
法令又は交付要綱等（令第75条第1項第6号イに規定する法令又は交付要綱等をいう。以下16-2-2において同じ。）に基づく補助金等（補助金、負担金、他会計からの繰入金その他これらに類するものをいう。以下16-2-2及び16-2-8において同じ。）で当該法令又は交付要綱等において使途が明らかにされているもの 当該法令又は交付要綱等で明らかにされているところにより使途を特定する。
この場合の交付要綱等には、補助金等を交付する者が作成した補助金等交付要綱、補助金等交付決定書のほか、これらの附属書類である補助金等の積算内訳書、実績報告書を含むものとする。
（注） 令第75条第1項第1号に規定する借入金等（以下16-2-2及び16-2-8において「借入金等」という。）を財源として行った事業について、当該借入金等の返済又は償還のための補助金等が交付される場合において、当該補助金等の交付要綱等にその旨が記載されているときは、当該補助金等は当該事業に係る経費のみに使用される収入として使途を特定する。なお、免税事業者であった課税期間に行った事業の経費に使途が特定された当該補助金等は、特定収入（法第60条第4項（国、地方公共団体等に対する仕入れに係る消費税額の計算の特例）に規定する特定収入をいう。以下16-2-5までにおいて同じ。）に該当しないことに留意する。
（２） 国又は地方公共団体が合理的な方法により補助金等の使途を明らかにした文書において使途を特定する場合
（1）により使途が特定されない補助金等については、次に掲げる区分に応じ、それぞれ次に掲げる方法により使途を特定することができる。
イ 法令又は交付要綱等がある補助金等で当該法令又は交付要綱等においてその使途の細部は不明であるが、その使途の大要が判明するもの 国（特別会計の所管大臣。以下16-2-2において同じ。）又は地方公共団体の長（地方公営企業法第7条の適用がある公営企業にあっては管理者。以下16-2-2において同じ。）が令第75条第1項第6号ロに規定する文書においてその使途の大要の範囲内で合理的計算に基づき細部の使途を特定する。
ロ イにより使途が特定できない場合で、補助金等の使途が予算書若しくは予算関係書類又は決算書若しくは決算関係書類で明らかなもの 国又は地方公共団体の長がこれらの書類で明らかにされるところにより、令第75条第1項第6号ロに規定する文書においてその使途を特定する。
ハ 「法令又は交付要綱等」又は「予算書、予算関係書類、決算書、決算関係書類」において、借入金等の返済費又は償還費のための補助金等とされているもの（（1）の注に該当するものを除く。） 当該補助金等の額に、当該借入金等に係る事業が行われた課税期間における支出（（1）又はイ若しくはロにより使途が特定された補助金等の使途としての支出及び借入金等の返済費又は償還費を除く。）のうちの課税仕入れ等の支出の額とその他の支出の額の割合を乗じて、課税仕入れ等の支出に対応する額とその他の支出に対応する額とにあん分する方法によりその使途を特定し、これらの計算過程を令第75条第1項第6号ロに規定する文書において明らかにする。
なお、地方公営企業法第20条（計理の方法）の適用がある公営企業については、同法施行令第9条第3項（会計の原則）の損益的取引、資本的取引の区分ごとにこの計算を行うものとする。
（注） 当該借入金等に係る事業が行われた課税期間が免税事業者であった場合の当該補助金等は、特定収入に該当しないことに留意する。
二 イからハまでによっては使途が特定できない補助金等 当該補助金等の額に、当該課税期間における支出（（1）又はイ若しくはロにより使途が特定された補助金等の使途としての支出及び借入金等の返済費又は償還費のうちハにおいて処理済みの部分を除く。）のうちの課税仕入れ等の支出の額とその他の支出の額の割合を乗じて、課税仕入れ等の支出に対応する額とその他の支出に対応する額とに按分する方法によりその使途を特定する。
この場合、これらの計算過程を令第75条第1項第6号ロに規定する文書において明らかにする。
また、この按分計算において、借入金等の返済費又は償還費でハにおいて処理済みの部分以外の部分に使途が特定されていることとなった補助金等の部分については、更にハの方法で当該借入金等に係る事業が行われた課税期間に遡って使途を特定する。
なお、地方公営企業法第20条の適用がある公営企業については、同法施行令第9条第3項の損益的取引、資本的取引の区分ごとにこの計算を行うものとする。