（軽減された過少申告加算税を課さない部分の税額の計算）
第三条 法第八条第四項に規定する電磁的記録等に記録された事項に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、国税通則法第六十五条（過少申告加算税）の過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち同項に規定する税額の計算の基礎となるべき事実で同項に規定する電磁的記録等に記録された事項に係るもの以外の事実のみに基づいて同項に規定する修正申告等があったものとした場合における当該修正申告等に基づき同法第三十五条第二項（申告納税方式による国税等の納付）の規定により納付すべき税額とする。