第三十五条の二 法第五十九条の二第一項第一号に規定する政令で定める金額は、まず同項に規定する船舶運航事業者等（次項及び第三項において「船舶運航事業者等」という。）の当該事業年度の収益の額並びに原価の額、費用の額及び損失の額（以下この項において「収益の額等」という。）を財務省令で定めるところにより同号に規定する対外船舶運航事業等（以下この項において「対外船舶運航事業等」という。）による収益の額等と対外船舶運航事業等以外の事業による収益の額等とに区分し、次にその区分された対外船舶運航事業等による収益の額等を財務省令で定めるところにより同号に規定する日本船舶を用いた対外船舶運航事業等（同条第一項に規定する認定計画に記載された同項に規定する計画期間内において営むものに限る。以下この条において「日本船舶外航事業」という。）による収益の額等と日本船舶外航事業以外の対外船舶運航事業等による収益の額等とに区分し、その区分された日本船舶外航事業による収益の額等に基づき法第五十九条の二の規定を適用しないで計算した所得の金額とする。
２ 法第五十九条の二第一項第二号に規定する政令で定める金額は、船舶運航事業者等の当該事業年度において日本船舶外航事業の用に供した同項第一号に規定する日本船舶ごとに当該日本船舶の一日当たり利益金額に当該日本船舶の稼働日数（日本船舶外航事業の用に供した日数をいい、当該日本船舶が同号に規定する特定準日本船舶（次項において「特定準日本船舶」という。）である場合には、同条第一項各号列記以外の部分に規定する日本船舶（次項において「日本船舶」という。）の確保に関連して実施される措置としての同条第一項第一号に規定する準日本船舶の確保を実施する期間として財務省令で定める期間の日数とする。）を乗じて計算し、これを合計した金額とする。
３ 前項に規定する一日当たり利益金額とは、船舶運航事業者等の当該事業年度において日本船舶外航事業の用に供した次の表の上欄に掲げる船舶ごとに、当該船舶の法第五十九条の二第一項第二号に規定する純トン数（以下この項において「純トン数」という。）を同表の中欄に掲げる純トン数に区分して、それぞれの純トン数を百で除して得た数に同表の下欄に掲げる金額を乗じて計算した金額の合計額とする。
| 船舶 | 純トン数 | 金額 |
| 日本船舶 | 千トン以下の純トン数 | 百三十円 |
| 千トンを超え一万トン以下の純トン数 | 百十円 | |
| 一万トンを超え二万五千トン以下の純トン数 | 七十円 | |
| 二万五千トンを超える純トン数 | 四十円 | |
| 特定準日本船舶 | 千トン以下の純トン数 | 百九十五円 |
| 千トンを超え一万トン以下の純トン数 | 百六十五円 | |
| 一万トンを超え二万五千トン以下の純トン数 | 百五円 | |
| 二万五千トンを超える純トン数 | 六十円 |
４ 法第五十九条の二第六項に規定する政令で定める規定は、第三十九条の十五第一項第一号（第二十五条の二十第一項（第二十五条の二十六第十六項においてその例による場合を含む。）の規定により適用する場合を含む。）の規定により同号に掲げる金額を同号に規定する本邦法令の規定の例により計算する場合（第三十九条の二十の三第十六項において第三十九条の十五第一項の規定の例により計算する場合を含む。）における次に掲げる規定とする。
一 法第四十三条の規定
三 法第六十五条の七（第一項及び第九項に係る部分に限る。）及び第六十五条の八（第一項、第二項、第七項及び第八項に係る部分に限る。）の規定
５ 法第五十九条の二第一項又は第四項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同条第一項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第九条第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとし、法第五十九条の二第一項又は第四項の規定により益金の額に算入される金額は、同号イに規定する所得の金額に含まれないものとする。