（特別試験研究を行つた場合の所得税額の特別控除）
第五条の四 法第十条の二第一項の規定による控除をすべき金額は、その年分の所得税法第九十二条第二項に規定する課税総所得金額に係る所得税額から控除する。この場合において、当該所得税額から控除をすべき同条第三項に規定する配当控除の額があるときは、まず当該配当控除の額を控除し、次に法第十条の二第一項の規定による控除をすべき金額を控除する。
２ 法第十条の二第一項第一号に規定する政令で定める金額は、その年分の同号に規定する控除対象特別試験研究費の額のうち次項第一号、第二号、第七号及び第八号に掲げる試験研究に係る同条第二項第二号に規定する控除対象特別試験研究費の額に相当する金額（以下この項において「特別試験研究機関等研究費の額」という。）とし、同条第一項第二号に規定する政令で定める金額は、その年分の同項第一号に規定する控除対象特別試験研究費の額（当該特別試験研究機関等研究費の額を除く。）のうち次項第三号、第四号、第十号及び第十一号に掲げる試験研究に係る同条第二項第二号に規定する控除対象特別試験研究費の額に相当する金額とする。
３ 法第十条の二第二項第一号に規定する政令で定める試験研究は、次に掲げる試験研究とする。
一 特別研究機関等（次のいずれかに該当する者をいう。以下この項において同じ。）と共同して行う試験研究で、当該特別研究機関等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究に要する費用の分担及びその明細並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
イ 科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成二十年法律第六十三号）第二条第八項に規定する試験研究機関等
ロ 国立研究開発法人
ハ 福島国際研究教育機構
ニ 国立健康危機管理研究機構
二 大学等（学校教育法（昭和二十二年法律第二十六号）第一条に規定する大学若しくは高等専門学校（これらのうち構造改革特別区域法（平成十四年法律第百八十九号）第十二条第二項に規定する学校設置会社が設置するものを除く。）又は国立大学法人法（平成十五年法律第百十二号）第二条第四項に規定する大学共同利用機関をいう。以下この項において同じ。）と共同して行う試験研究で、当該大学等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における当該個人及び当該大学等の役割分担並びにその内容、当該個人及び当該大学等が当該試験研究に要する費用を分担する旨並びにその明細、当該大学等が当該費用の額のうち当該個人が負担した額を確認する旨及びその方法、当該試験研究の成果が当該個人及び当該大学等に帰属する旨並びにその内容並びに当該大学等による当該成果の公表に関する事項その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
三 特定新事業開拓事業者（産業競争力強化法（平成二十五年法律第九十八号）第二条第六項に規定する新事業開拓事業者のうちその設立の日以後の期間が十五年未満であることその他の財務省令で定める要件を満たすものをいい、特別研究機関等、大学等及び次に掲げるものを除く。以下この項において同じ。）と共同して行う試験研究で、当該特定新事業開拓事業者との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における当該個人及び当該特定新事業開拓事業者の役割分担並びにその内容、当該個人及び当該特定新事業開拓事業者が当該試験研究に要する費用を分担する旨並びにその明細、当該特定新事業開拓事業者が当該費用の額のうち当該個人が負担した額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人及び当該特定新事業開拓事業者に帰属する旨並びにその内容その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
イ 当該個人がその発行済株式又は出資（その有する自己の株式又は出資を除く。）の総数又は総額の百分の二十五以上を有している法人（当該法人が法人税法第二条第十二号の六の七に規定する通算親法人である場合には、他の通算法人（同条第十二号の七の二に規定する通算法人をいう。）を含む。）
ロ 当該個人との間に法人税法第二条第十二号の七の五に規定する当事者間の支配の関係がある法人
四 成果活用促進事業者（科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律第三十四条の六第一項の規定により出資を受ける同項第三号に掲げる者その他これに準ずる者で財務省令で定めるものをいい、特別研究機関等、大学等、特定新事業開拓事業者並びに前号イ及びロに掲げるものを除く。以下この項において同じ。）と共同して行う試験研究（当該成果活用促進事業者の行う同条第一項第三号ハに掲げる研究開発その他これに準ずる研究開発として財務省令で定めるもの（第十一号において「成果実用化研究開発」という。）に該当するものに限る。）で、当該成果活用促進事業者との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における当該個人及び当該成果活用促進事業者の役割分担並びにその内容、当該個人及び当該成果活用促進事業者が当該試験研究に要する費用を分担する旨並びにその明細、当該成果活用促進事業者が当該費用の額のうち当該個人が負担した額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人及び当該成果活用促進事業者に帰属する旨並びにその内容その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
五 他の者（特別研究機関等、大学等、特定新事業開拓事業者、成果活用促進事業者並びに第三号イ及びロに掲げるものを除く。）と共同して行う試験研究で、当該他の者との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における当該個人及び当該他の者の役割分担並びにその内容、当該個人及び当該他の者が当該試験研究に要する費用を分担する旨並びにその明細、当該他の者が当該費用の額のうち当該個人が負担した額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人及び当該他の者に帰属する旨並びにその内容その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
六 技術研究組合の組合員が協同して行う技術研究組合法第三条第一項第一号に規定する試験研究で、当該技術研究組合の定款若しくは規約又は同法第十三条第一項に規定する事業計画（当該定款若しくは規約又は事業計画において、当該試験研究における当該個人及び当該個人以外の当該技術研究組合の組合員の役割分担並びにその内容その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
七 特別研究機関等に委託する試験研究で、当該特別研究機関等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究に要する費用の額及びその明細並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
八 大学等に委託する試験研究で、当該大学等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用を負担する旨及びその明細、当該大学等が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果の帰属及びその公表に関する事項その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
九 特定中小企業者等（法第十条第八項第六号に規定する中小事業者で青色申告書を提出するもの及び法第四十二条の四第十九項第七号に規定する中小企業者で法人税法第二条第三十六号に規定する青色申告書を提出するもの（第十三号において「中小事業者等」という。）、同法別表第二に掲げる法人その他試験研究を行う機関として財務省令で定めるものをいい、特別研究機関等、大学等、第三号イ及びロに掲げるもの並びに当該個人が非居住者である場合の所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等を除く。以下この号及び第十三号において同じ。）のうち試験研究を行うための拠点を有することその他の財務省令で定める要件を満たすものに委託する試験研究（委任契約その他の財務省令で定めるものに該当する契約又は協定（以下この項において「委任契約等」という。）により委託するもので、その委託に基づき行われる業務が試験研究に該当するものに限る。以下第十二号までにおいて同じ。）で、当該特定中小企業者等とのその委託に係る委任契約等（当該委任契約等において、その委託する試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用を負担する旨及びその明細、当該特定中小企業者等が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人に帰属する旨その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの（当該試験研究の主要な部分について当該特定中小企業者等が再委託を行うもの及び次号から第十二号までに掲げる試験研究に該当するものを除く。）
十 特定新事業開拓事業者に委託する試験研究のうち次に掲げる要件のいずれかを満たすもので、当該特定新事業開拓事業者とのその委託に係る委任契約等（当該委任契約等において、その委託する試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用を負担する旨及びその明細、当該特定新事業開拓事業者が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人に帰属する旨その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの（当該試験研究の主要な部分について当該特定新事業開拓事業者が再委託を行うものを除く。）
イ その委託する試験研究の成果を活用して当該個人が行おうとする試験研究が工業化研究として財務省令で定めるもの（以下この項において「工業化研究」という。）に該当しないものであること（その委託に係る委任契約等において、当該特定新事業開拓事業者に委託する試験研究が当該個人の工業化研究以外の試験研究に該当するものである旨が定められている場合に限る。）。
ロ その委託する試験研究が主として当該特定新事業開拓事業者の有する知的財産権等（法第十条の二第二項第一号に規定する知的財産権その他これに準ずるものとして財務省令で定めるもの及びこれらを活用した機械その他の減価償却資産をいう。以下第十二号までにおいて同じ。）を活用して行うものであること（その委託に係る委任契約等において、その活用する知的財産権等が当該特定新事業開拓事業者の有するものである旨及び当該知的財産権等を活用して行う試験研究の内容が定められている場合に限る。）。
十一 成果活用促進事業者に委託する試験研究のうち次に掲げる要件のいずれかを満たすもの（当該成果活用促進事業者の行う成果実用化研究開発に該当するものに限る。）で、当該成果活用促進事業者とのその委託に係る委任契約等（当該委任契約等において、その委託する試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用を負担する旨及びその明細、当該成果活用促進事業者が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人に帰属する旨その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの（当該試験研究の主要な部分について当該成果活用促進事業者が再委託を行うものを除く。）
イ その委託する試験研究の成果を活用して当該個人が行おうとする試験研究が工業化研究に該当しないものであること（その委託に係る委任契約等において、当該成果活用促進事業者に委託する試験研究が当該個人の工業化研究以外の試験研究に該当するものである旨が定められている場合に限る。）。
ロ その委託する試験研究が主として当該成果活用促進事業者の有する知的財産権等を活用して行うものであること（その委託に係る委任契約等において、その活用する知的財産権等が当該成果活用促進事業者の有するものである旨及び当該知的財産権等を活用して行う試験研究の内容が定められている場合に限る。）。
十二 他の者（特別研究機関等、大学等、特定新事業開拓事業者、成果活用促進事業者並びに第三号イ及びロに掲げるものを除く。）に委託する試験研究のうち次に掲げる要件のいずれかを満たすもので、当該他の者とのその委託に係る委任契約等（当該委任契約等において、その委託する試験研究における分担すべき役割として当該個人が当該試験研究に要する費用を負担する旨及びその明細、当該他の者が当該費用の額を確認する旨及びその方法並びに当該試験研究の成果が当該個人に帰属する旨その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
イ その委託する試験研究の成果を活用して当該個人が行おうとする試験研究が工業化研究に該当しないものであること（その委託に係る委任契約等において、当該他の者に委託する試験研究が当該個人の工業化研究以外の試験研究に該当するものである旨が定められている場合に限る。）。
ロ その委託する試験研究が主として当該他の者の有する知的財産権等を活用して行うものであること（その委託に係る委任契約等において、その活用する知的財産権等が当該他の者の有するものである旨及び当該知的財産権等を活用して行う試験研究の内容が定められている場合に限る。）。
十三 特定中小企業者等（中小事業者等に限る。）からその有する知的財産権（法第十条の二第二項第一号に規定する知的財産権をいう。以下この号において同じ。）の設定又は許諾を受けて行う試験研究で、当該特定中小企業者等との契約又は協定（当該契約又は協定において、当該知的財産権の設定又は許諾の期間及び条件、当該個人が当該特定中小企業者等に対して支払う当該知的財産権の使用料の明細（当該試験研究の進捗に応じて当該知的財産権の使用料を支払う場合には、その旨を含む。）その他財務省令で定める事項が定められているものに限る。）に基づいて行われるもの
十四 医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律第二条第十六項に規定する希少疾病用医薬品、希少疾病用医療機器若しくは希少疾病用再生医療等製品又は同法第七十七条の四に規定する特定用途医薬品、特定用途医療機器若しくは特定用途再生医療等製品に関する試験研究で、国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所法（平成十六年法律第百三十五号）第十五条第一項第二号の規定による助成金の交付を受けてその対象となつた期間に行われるもの
十五 次に掲げる要件の全てを満たす試験研究
イ 当該個人の使用人である次に掲げる者（ロ（１）及びハ（３）において「新規高度研究業務従事者」という。）に対して人件費を支出して行う試験研究であること。
（１） 博士の学位を授与された者（外国においてこれに相当する学位を授与された者を含む。（２）において同じ。）で、その授与された日から五年を経過していないもの
（２） 博士の学位を授与された者（（１）に掲げる者を除く。）のうち、その授与された日から五年以内に当該個人の使用人（当該個人に係る第三号イ及びロに掲げる法人の役員（法人税法第二条第十五号に規定する役員をいう。（３）において同じ。）又は使用人を含む。）となつたもので、その使用人となつた日から五年を経過していないもの
（３） 他の者（第三号イ及びロに掲げるものを除く。）の役員又は使用人として十年以上専ら研究業務に従事していた者で、当該個人の使用人（当該個人に係る同号イ及びロに掲げる法人の役員又は使用人を含む。）となつた日から五年を経過していないもの
ロ 当該個人のその年分の新規高度人件費割合（（１）に掲げる金額が（２）に掲げる金額のうちに占める割合をいう。ロにおいて同じ。）をその年の前年分の新規高度人件費割合で除して計算した割合が一・〇三以上である場合又は当該個人のその年の前年分の新規高度人件費割合が零である場合（その年分又は当該前年分の（２）に掲げる金額が零である場合を除く。）にその年において行う試験研究（工業化研究に該当するものを除く。）であること。
（１） 工業化研究に該当する試験研究以外の試験研究に係る試験研究費の額（法第十条第八項第一号に規定する試験研究費の額をいう。（２）及び次項において同じ。）のうち新規高度研究業務従事者に対する人件費の額
（２） 試験研究費の額のうち当該個人の使用人である者に対する人件費の額
ハ 次に掲げる要件のいずれかに該当する試験研究であること。
（１） その内容に関する提案が広く一般に又は広く当該個人の試験研究に専ら従事する当該個人の使用人に募集されたこと。
（２） その内容がその試験研究に専ら従事する当該個人の使用人から提案されたものであること。
（３） その試験研究に従事する者が広く一般に又は広く当該個人の使用人に募集され、当該試験研究に従事する新規高度研究業務従事者がその募集に応じた者であること。
４ 法第十条の二第二項第一号に規定する政令で定めるものは、次の各号に掲げる試験研究の区分に応じ当該各号に定める試験研究費の額とする。
一 前項第一号、第七号及び第十四号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る試験研究費の額であることにつき財務省令で定めるところにより証明がされたもの
二 前項第二号から第五号まで及び第八号から第十二号までに掲げる試験研究 当該試験研究に係る試験研究費の額として当該個人が負担するものであることにつき財務省令で定めるところにより証明がされたもの
四 前項第十三号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る法第十条第八項第一号イ（１）又は（２）に掲げる費用のうち前項第十三号の特定中小企業者等に対して支払う同号に規定する知的財産権の使用料に係る試験研究費の額として財務省令で定めるところにより証明がされたもの（第一号又は第二号に定める試験研究費の額に該当する金額を除く。）
五 前項第十五号に掲げる試験研究 当該試験研究に係る同号ロ（１）に掲げる金額として財務省令で定めるところにより証明がされたもの（第一号又は第二号に定める試験研究費の額に該当する金額を除く。）