免税事業者であった課税期間において行った特定課税仕入れにつき課税事業者となった課税期間において法第38条の2第1項（特定課税仕入れに係る対価の返還等を受けた場合の消費税額の控除）に規定する特定課税仕入れに係る対価の返還等（以下14-1-14までにおいて「特定課税仕入れに係る対価の返還等」という。）を受けた場合には、当該対価の返還等の金額について同項の規定の適用はないことに留意する。（平27課消1-17により追加）
税務法規集消費税法基本通達
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税務法規集消費税法基本通達
第3款 特定課税仕入れに係る対価の返還等の範囲
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（免税事業者であった課税期間において行った特定課税仕入れに係る対価の返還等）
課税売上割合が100分の95以上である課税期間（簡易課税制度の適用がない課税期間に限る。）及び簡易課税制度が適用される課税期間については、所得税法等の一部を改正する法律（平成27年法律第9号）附則第42条（特定課税仕入れに関する経過措置）及び第44条第2項（中小事業者の仕入れに係る消費税額の控除の特例に関する経過措置）の規定により、当分の間、特定課税仕入れはなかったものとされるので、これらの課税期間において行った特定課税仕入れに係る支払対価について、その後の課税期間に対価の返還等を受けた場合についても同様である。
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（免税事業者等となった後の特定課税仕入れに係る対価の返還等）
課税事業者が事業を廃止し、又は免税事業者となった後において、課税事業者であった課税期間における特定課税仕入れにつき特定課税仕入れに係る対価の返還等を受けた場合には、その返還等の金額については、法第38条の2第1項（特定課税仕入れに係る対価の返還等を受けた場合の消費税額の控除）の規定は適用されないのであるから留意する。（平27課消1-17により追加）
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（特定課税仕入れに係る対価の返還等の処理）
特定課税仕入れに係る対価の返還等の処理について、12-1-12により処理する場合には、特定課税仕入れに係る課税仕入れと特定課税仕入れ以外の課税仕入れとに区分して行う必要があることに留意する。（平27課消1-17により追加）
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