法第19条第1項第3号から第4号の2まで（課税期間の特例）に規定する届出書（以下3-3-4までにおいて「課税期間特例選択等届出書」という。）を提出して課税期間の特例制度を適用している事業者は、その課税期間の基準期間における課税売上高が1，000万円以下となったことにより、免税事業者となった場合においても、同条第3項（課税期間の特例の選択不適用）に規定する届出書を提出した場合を除き、課税期間特例選択等届出書の効力は失われないのであるから留意する。（平13課消1-5、平15課消1-37により改正）
相続があった場合における法第19条第1項第3号又は第3号の2（課税期間の特例）の規定の適用は、次のようになるのであるから留意する。（平13課消1-5により追加、平15課消1-37により改正）
被相続人が提出した課税期間特例選択等届出書の効力は、相続により当該被相続人の事業を承継した相続人には及ばない。したがって、当該相続人が法第19条第1項第3号又は第3号の2の規定の適用を受けようとするときは、新たに課税期間特例選択等届出書を提出しなければならない。
事業を営んでいない相続人が相続により被相続人の事業を承継した場合又は個人事業者である相続人が相続により法第19条第1項第3号又は第3号の2の規定の適用を受けていた被相続人の事業を承継した場合において、当該相続人が相続があった日の属する期間（法第19条第1項第3号又は第3号の2に定める期間をいう。以下3-3-2において同じ。）中に課税期間特例選択等届出書を提出したときは、当該期間は、令第41条第1項第1号（事業を開始した日の属する期間）又は第2号（相続があった日の属する期間）に規定する期間に該当する。
合併があった場合における法第19条第1項第4号又は第4号の2（課税期間の特例）の規定の適用は、次のようになるのであるから留意する。（平15課消1-37により改正）
被合併法人が提出した課税期間特例選択等届出書の効力は、吸収合併又は新設合併により当該被合併法人の事業を承継した合併法人には及ばない。したがって、当該合併法人が法第19条第1項第4号又は第4号の2の規定の適用を受けようとするときは、新たに課税期間特例選択等届出書を提出しなければならない。
法人が、新設合併によりその事業を承継した場合又は吸収合併により法第19条第1項第4号又は第4号の2の規定の適用を受けていた被合併法人の事業を承継した場合において、当該法人が合併があった日の属する期間（法第19条第1項第4号又は第4号の2に定める期間をいう。以下3-3-4までにおいて同じ。）中に課税期間特例選択等届出書を提出したときは、当該期間は、令第41条第1項第1号（事業を開始した日の属する期間）又は第3号（合併があった日の属する期間）に規定する期間に該当する。
分割があった場合における法第19条第1項第4号又は第4号の2（課税期間の特例）の規定の適用は、次のようになるのであるから留意する。（平13課消1-5により追加、平15課消1-37により改正）
分割法人が提出した課税期間特例選択等届出書の効力は、分割により当該分割法人の事業を承継した分割承継法人には及ばない。したがって、当該分割承継法人が法第19条第1項第4号又は第4号の2の規定の適用を受けようとするときは、新たに課税期間特例選択等届出書を提出しなければならない。
法第12条第7項第2号又は第3号（分割等の意義）に該当する分割等により新設分割親法人の事業を引き継いだ新設分割子法人についても同様である。
法人が、新設分割によりその事業を承継した場合又は吸収分割により法第19条第1項第4号又は第4号の2の規定の適用を受けていた分割法人の事業を承継した場合において、当該法人が新設分割又は吸収分割があった日の属する期間中に課税期間特例選択等届出書を提出したときは、当該期間は、令第41条第1項第1号（事業を開始した日の属する期間）又は第4号（吸収分割があった日の属する期間）に規定する期間に該当する。