第三節の四 国家戦略特別区域における指定法人の課税の特例
法第六十一条第一項に規定する政令で定める金額は、特定事業等により生じた所得のみについて法人税を課するものとした場合に課税標準となるべき対象内国法人の対象事業年度（同項に規定する対象事業年度をいう。以下この条において同じ。）の所得の金額（第四項において「軽減対象所得金額」という。）に相当する金額とする。ただし、当該金額が当該対象事業年度の所得の金額（以下この項において「全所得金額」という。）を超える場合には、当該全所得金額に相当する金額を限度とする。
法第六十一条第三項に規定する通算前所得金額及び通算前欠損金額として政令で定める金額は、通算法人が法人税法第六十四条の五の規定を適用する場合における通算前所得金額（同条第一項に規定する通算前所得金額をいう。第五項において「通算前所得金額」という。）及び通算前欠損金額（同条第一項に規定する通算前欠損金額をいい、同法第六十四条の六の規定によりないものとされるものを除く。次項第一号及び第五項第一号において「通算前欠損金額」という。）とする。
法第六十一条第三項に規定する当該通算法人の特定事業等に係る所得の金額として政令で定める金額は、当該通算法人の対象事業年度（当該通算法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限る。第二号及び次項において同じ。）に係る軽減対象所得金額から、第一号に掲げる金額に第二号に掲げる金額が同号及び第三号に掲げる金額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額を控除した金額とする。
他の対象通算法人（法第六十一条第三項に規定する他の対象通算法人をいう。以下この項及び第六項において同じ。）の特定事業等欠損金額（当該他の対象通算法人の特定事業等により生じた所得のみについて法人税を課するものとした場合における他の事業年度（同条第三項第一号に規定する他の事業年度をいう。第三号及び次項において同じ。）において生ずる通算前欠損金額をいう。）の合計額
当該通算法人の当該対象事業年度に係る軽減対象所得金額
他の対象通算法人の他の軽減対象所得金額（当該他の対象通算法人の特定事業等により生じた所得のみについて法人税を課するものとした場合に課税標準となるべき他の事業年度の所得の金額をいう。）の合計額
法第六十一条第三項に規定する当該通算法人の所得の金額として政令で定める金額は、当該通算法人の対象事業年度の通算前所得金額から、第一号に掲げる金額に第二号に掲げる金額が同号及び第三号に掲げる金額の合計額のうちに占める割合を乗じて計算した金額を控除した金額とする。
他の通算法人（法第六十一条第三項に規定する他の通算法人をいう。第三号において同じ。）の他の事業年度において生ずる通算前欠損金額の合計額
当該通算法人の当該対象事業年度の通算前所得金額
他の通算法人の他の事業年度の通算前所得金額の合計額
法第六十一条第四項に規定する政令で定める金額は、他の対象通算法人の第四項第三号に規定する他の軽減対象所得金額又は他の対象通算法人の同項第一号に規定する特定事業等欠損金額とする。
第二項に規定する軽減対象所得金額及び同項ただし書に規定する全所得金額、第三項に規定する通算前所得金額及び通算前欠損金額並びに第四項第一号に規定する特定事業等欠損金額及び同項第三号に規定する他の軽減対象所得金額は、法第五十七条の七第一項、第五十七条の七の二第一項、第五十九条第一項及び第二項、第五十九条の二第一項及び第四項、第六十条第一項、第二項及び第六項、第六十一条第一項及び第五項、第六十一条の二第一項、第六十一条の三第一項、第六十六条の七第二項及び第六項、第六十六条の九の三第二項及び第五項並びに第六十六条の十三第一項、第五項から第十一項まで及び第十五項並びに法人税法第二十七条、第四十条から第四十一条の二まで、第五十七条第一項、第五十九条第一項から第四項まで、第六十一条の十一第一項（適格合併に該当しない合併による合併法人への資産の移転に係る部分に限る。）、第六十二条第二項、第六十二条の五第二項及び第五項、第六十二条の九第一項、第六十四条の五第一項及び第三項、第六十四条の七第六項、第六十四条の八、第六十四条の十一第一項及び第二項、第六十四条の十二第一項及び第二項並びに第六十四条の十三第一項並びに法人税法施行令の一部を改正する政令（昭和四十二年政令第百六号）附則第五条第一項及び第二項の規定を適用せず、かつ、対象内国法人の対象事業年度又は当該対象事業年度終了の日において当該対象内国法人との間に通算完全支配関係がある他の通算法人の同日に終了する事業年度において支出した寄附金の額の全額を損金の額に算入するものとして計算した金額とする。
第二項、第四項又は第六項の規定を適用する場合において、第二項若しくは第四項の対象事業年度又は同項第一号若しくは第三号の他の事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額のうちに法人税法第二十二条第三項第二号に規定する販売費、一般管理費その他の費用で特定事業等に係る所得を生ずべき業務と当該特定事業等に係る所得以外の所得を生ずべき業務との双方に関連して生じたものの額（以下この項において「共通費用の額」という。）があるときは、当該共通費用の額は、収入金額、資産の価額その他の基準のうち第二項の対象内国法人、第四項の通算法人又は同項第一号若しくは第三号若しくは第六項の他の対象通算法人の行う業務の内容及び費用の性質に照らして合理的と認められる基準により特定事業等に係る所得及び当該特定事業等に係る所得以外の所得の金額の計算上の損金の額として配分するものとする。
法第六十一条第一項又は第五項の規定の適用を受けた法人の利益積立金額の計算については、同条第一項の規定により損金の額に算入される金額は、法人税法施行令第九条第一号イに規定する所得の金額に含まれるものとし、法第六十一条第五項の規定により益金の額に算入される金額は、同号イに規定する所得の金額に含まれないものとする。
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