第五節 農業所得の課税の特例
（農業経営基盤強化準備金）
法第二十四条の二第一項第一号に規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画等に記載された農用地等（法第二十四条の三第一項に規定する農用地等をいう。）の取得に充てるための金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。
法第二十四条の二第一項第二号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項及び同条第二項並びに法第二十四条の三並びに第二十五条の二第一項及び第三項の規定を適用しないで計算した場合のその年分の事業所得の金額とする。
法第二十四条の二第七項に規定する推定相続人に同条第一項の農業経営基盤強化準備金に係る事業の全部の譲渡（当該推定相続人について同条第八項に規定する申請が却下された場合に該当する譲渡を除く。）をした同条第七項に規定する個人が、同条第四項に規定する場合に該当するときにおける同項の規定の適用については、同項中「取り消され、又は青色申告書による申告をやめる旨の届出書の提出をした」とあるのは「取り消された」と、「あつた日又はその届出書の提出をした日（その届出書の提出をした日が青色申告書による申告をやめた年の翌年である場合には、そのやめた年の十二月三十一日）」とあるのは「あつた日」とする。
（農用地等を取得した場合の課税の特例）
法第二十四条の三第一項に規定する政令で定める取得は、代物弁済としての取得とする。
法第二十四条の三第一項に規定する政令で定める規模のものは、機械及び装置並びに器具及び備品にあつては一台又は一基（通常一組又は一式をもつて取引の単位とされるものにあつては、一組又は一式）の取得価額（所得税法施行令第百二十六条第一項各号の規定により計算した取得価額をいう。以下この項において同じ。）が三十万円以上のものとし、建物及びその附属設備にあつては一の建物及びその附属設備の取得価額の合計額が三十万円以上のものとし、構築物にあつては一の構築物の取得価額が三十万円以上のものとし、ソフトウエアにあつては一のソフトウエアの取得価額が三十万円以上のものとする。
法第二十四条の三第一項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項各号に掲げる金額のうちいずれか少ない金額に相当する金額（当該金額が農用地等（同項に規定する農用地等をいう。以下この条において同じ。）の取得に要した金額を超える場合には、当該取得に要した金額に相当する金額）とする。
法第二十四条の三第一項第一号ロに規定する政令で定める金額は、同項に規定する認定計画等に記載された農用地等の取得に充てるための金額であつて法第二十四条の二第一項の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかつた金額として財務省令で定めるところにより証明がされた金額とする。
法第二十四条の三第一項第二号に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項並びに法第二十四条の二第二項並びに第二十五条の二第一項及び第三項の規定を適用しないで計算した場合のその年分の事業所得の金額とする。
法第二十四条の三第一項の規定の適用を受けた農用地等について所得税に関する法令の規定を適用する場合には、当該農用地等については、当該農用地等の取得に要した金額に相当する金額から同項の規定によりその年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入された金額に相当する金額を控除した金額をもつて取得したものとみなす。💬 参照
（肉用牛の売却による農業所得の課税の特例）
法第二十五条第一項に規定する政令で定める登録は、同項に規定する登録規程に基づく登録のうち、同条第三項に規定する肉用牛の改良増殖に著しく寄与するものとして農林水産大臣が財務大臣と協議して指定するものとする。
法第二十五条第一項第一号に規定する政令で定める市場は、次に掲げる市場とする。
家畜取引法（昭和三十一年法律第百二十三号）第二十七条第一項の規定による届出に係る市場
地方卸売市場で食用肉の卸売取引のために定期に又は継続して開設されるもののうち、都道府県がその市場における食用肉の卸売取引に係る業務の適正かつ健全な運営を確保するため、その業務につき必要な規制を行うものとして農林水産大臣の認定を受けたもの
条例に基づき食用肉の卸売取引のために定期に又は継続して開設される市場のうち、当該条例に基づき地方公共団体がその市場における業務の適正かつ健全な運営を確保するため、その開設及び業務につき必要な規制を行うものとして農林水産大臣の認定を受けたもの
農業協同組合、農業協同組合連合会又は地方公共団体（これらの法人の設立に係る法人でその発行済株式若しくは出資（その有する自己の株式又は出資を除く。）の総数若しくは総額又は拠出された金額の二分の一以上がこれらの法人により所有され、若しくは出資され、又は拠出されているものを含む。）により食用肉の卸売取引のために定期に又は継続して開設される市場のうち、当該市場における取引価格が中央卸売市場において形成される価格に準拠して適正に形成されるものとして農林水産大臣の認定を受けたもの
法第二十五条第一項第二号に規定する政令で定める農業協同組合又は農業協同組合連合会は、肉用子牛生産安定等特別措置法（昭和六十三年法律第九十八号）第六条第二項に規定する指定協会から同法第七条第二項に規定する生産者補給金交付業務に関する事務の委託を受けている農業協同組合又は農業協同組合連合会で農林水産大臣が指定したものとする。
法第二十五条第一項の規定により免除される所得税の額は、その年分の総所得金額に係る所得税の額から同項に規定する所得の金額がないものとして計算した場合における総所得金額に係る所得税の額を控除した金額とする。
法第二十五条第二項に規定する個人（その年の前年分又は前々年分の所得税につき同項の規定の適用を受けた者に限る。）に係る所得税法第百四十条第一項及び第五項並びに第百四十一条第一項及び第四項の規定の適用については、同法第百四十条第一項第一号中「規定」とあるのは「規定（租税特別措置法第二十五条第二項（肉用牛の売却による農業所得の課税の特例）の規定を含む。次号及び次条第一項各号において同じ。）」と、同項第二号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額（租税特別措置法第二十五条第二項第二号に規定する総所得金額に係る課税総所得金額をいう。次条第一項第二号において同じ。）」とする。
前項の規定の適用がある場合における所得税法施行令第二百七十一条第一項及び第二百七十二条第二項の規定の適用については、同令第二百七十一条第一項中「課税総所得金額、」とあるのは「課税総所得金額（租税特別措置法第二十五条第二項第二号（肉用牛の売却による農業所得の課税の特例）に規定する総所得金額に係る課税総所得金額をいう。以下この項及び次条第二項において同じ。）、」と、同令第二百七十二条第二項中「規定を」とあるのは「規定（租税特別措置法第二十五条第二項（肉用牛の売却による農業所得の課税の特例）の規定を含む。）を」とする。
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