法第64条の5第1項（損益通算）に規定する所得事業年度及び同条第3項に規定する欠損事業年度は、通算法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限られるのであるから、当該通算親法人の事業年度の中途において当該通算親法人との間に通算完全支配関係を有しなくなったことにより通算承認の効力を失った通算法人のその有しなくなった日の前日に終了する事業年度については、これらの規定の適用はないことに留意する。（令4年課法2-14｢四十八」により追加）
法第64条の5第5項（損益通算）に規定する「第74条第1項（確定申告）の規定による申告書」とは、期限内申告書をいい、期限後申告書は含まれないのであるから、通算法人のうち期限内申告書を提出しなかったものに係る法第64条の5第1項に規定する通算前所得金額及び同条第3項に規定する通算前欠損金額は零となり、同条第1項又は第3項の規定により当該通算法人の損金の額又は益金の額に算入される金額は、同条第8項の規定が適用される場合を除き、ないこととなることに留意する。（令4年課法2-14｢四十八」により追加）
法第64条の6（損益通算の対象となる欠損金額の特例）の規定の適用に当たっては、12の2-2-3（圧縮記帳を適用している資産に係る帳簿価額又は取得価額）及び12の2-2-6（新たな資産の取得とされる資本的支出がある場合の帳簿価額又は取得価額）の取扱いを準用する。（令4年課法2-14｢四十八」により追加）
法第64条の6第1項（損益通算の対象となる欠損金額の特例）に規定する「共同で事業を行う場合として政令で定める場合」に該当するかどうかの判定に当たっては、1-4-4（従業者の範囲）から1-4-7（特定役員の範囲）までの取扱いを準用する。（令4年課法2-14｢四十八」により追加）
次に掲げる用語の意義については、それぞれ次に定める通達の取扱いを準用する。（令4年課法2-14｢四十八」により追加）
法第64条の6第1項（損益通算の対象となる欠損金額の特例）並びに令第131条の8第1項第2号イ及びロ（損益通算の対象となる欠損金額の特例）に規定する「最後に支配関係を有することとなつた日」 12-1-5（2）（最後に支配関係を有することとなった日）
同条第2項において準用する令第112条の2第4項第1号（通算完全支配関係に準ずる関係等）に規定する「いずれかの主要な事業」 12-1-8（完全支配関係グループが通算グループに加入する場合のいずれかの主要な事業の意義）
令第131条の8第6項第2号（損益通算の対象となる欠損金額の特例）に規定する「償却費として損金経理をした金額」には、7-5-1（償却費として損金経理をした金額の意義）又は7-5-2（申告調整による償却費の損金算入）の取扱いにより償却費として損金経理をした金額に該当するものとされる金額が含まれることに留意する。
7-5-3（減価償却資産の償却費の損金経理額に含まれるもの）の取扱いにおけるその確定した決算において法第64条の2第1項（リース取引に係る所得の金額の計算）に規定するリース資産に係る同通達に定める使用権資産の減価償却費として経理した金額についても、同様とする。（令4年課法2-14｢四十八」により追加、令7年課法2-7「十一」により改正）