令第136条（特定の損失等に充てるための負担金の損金算入）に規定する「公益法人等又は一般社団法人若しくは一般財団法人の当該業務に係る資金のうち短期間に使用されるもの」とは、当該公益法人等又は一般社団法人若しくは一般財団法人の定款、業務方法書等において、5年以内の期間を業務計画期間とし、当該期間内に使用されることが予定されている資金をいうものとする。（昭50年直法2-21「26」により追加、昭53年直法2-24「4」、平3年課法2-4「九」、平12年課法1-49、平20年課法2-5「二十」により改正）
業務計画期間が経過した場合において、引き続き同条の規定の適用を受けようとするときは、改めて同条に規定する指定を受ける必要があることに留意する。
5年を超える期間に使用されることが予定されているものについては、措置法第66条の11（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例）の規定により、財務大臣の指定を必要とすることに留意する。
令第136条（特定の損失等に充てるための負担金の損金算入）に規定する「その他の特定の損失又は費用を補てんするための業務」には、例えば次のようなものが含まれることに留意する。（昭50年直法2-21「26」により追加、平20年課法2-5「二十」、平23年課法2-17「二十」により改正）
水産物又は配合飼料の価格の変動による損失の補塡に係る業務
行政指導等に基づき公益法人等又は一般社団法人若しくは一般財団法人が行う構造改善事業
海面の油濁による損失の補塡に係る業務
法人が令第136条（特定の損失等に充てるための負担金の損金算入）に規定する負担金を支出した場合における当該負担金の損金算入時期は、当該法人が当該負担金を現実に支払った日（国税庁長官の指定前に支払ったものについては、その指定のあった日）の属する事業年度となることに留意する。（昭50年直法2-21「26」により追加）
当該負担金の支払のための手形の振出し（裏書譲渡を含む。）の日は、現実に支払った日に該当しない。
国税庁長官の指定前に支払ったものについては、当該指定の日までの間は仮払金として処理することとなる。