第2節 還付
（仮決算の中間申告による所得税額の還付における災害損失の額の計算）
12-2-2から12-2-14まで（災害損失の対象となる固定資産に準ずる繰延資産の範囲等）は、法第72条第4項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）の規定を適用する場合の災害損失の額（令第150条の2第4項（仮決算をした場合の中間申告）に規定する損失の額をいう。）の計算について準用する。（平29年課法2-2「四」により追加、平29年課法2-17「二十五」により改正）
（欠損金の繰戻しによる還付における還付金額の計算）
法第80条第1項（欠損金の繰戻しによる還付）の規定による法人税の還付請求があった場合において、当該還付請求について還付すべき金額は、当該金額の算定を行う時において確定している還付所得事業年度（同項に規定する還付所得事業年度をいう。以下この節において同じ。）の所得の金額及び法人税の額並びに欠損事業年度（同項に規定する欠損事業年度をいう。）の欠損金額（通算法人（その欠損事業年度が当該通算法人に係る通算親法人の事業年度終了の日に終了するものに限る。17-2-4を除き、以下この節において同じ。）以外の法人にあっては同項に規定する欠損金額をいい、通算法人にあっては同条第7項の規定により計算される金額をいう。17-2-3を除き、以下この節において同じ。）（当該欠損金額が請求に係る還付金額の計算の基礎として法人が還付請求書に記載した欠損金額を超える場合には、その記載した金額）を基礎として同条第1項の規定により計算した金額による。（平15年課法2-7「五十八」、平29年課法2-2「四」、令4年課法2-14｢六十三」により改正）
同条第4項又は第5項において準用する同条第1項の規定による法人税の還付請求があった場合においても、同様とする。
（還付請求書だけが期限後に提出された場合の特例）
同条第5項において準用する同条第1項の規定による法人税の還付請求があった場合においても、同様とする。
（還付所得事業年度が2以上ある場合の繰戻し還付）
法第80条（欠損金の繰戻しによる還付）の規定の適用に当たり、還付所得事業年度が2以上ある場合、欠損金額又は災害損失欠損金額（通算法人（その事業年度又は同条第5項に規定する中間期間が当該通算法人に係る通算親法人の事業年度又は同項に規定する中間期間終了の日に終了するものに限る。以下17-2-4において同じ。）以外の法人にあっては同項に規定する災害損失欠損金額をいい、通算法人にあっては同条第8項の規定により計算される金額をいう。以下この節において同じ。）をいずれの還付所得事業年度に配分するかは法人の計算によることに留意する。（平29年課法2-2「四」により追加、令4年課法2-14｢六十三」により改正）
（更生手続の開始の意義）
法第80条第4項（欠損金の繰戻しによる還付の特例）に規定する「更生手続の開始」とは、更生手続の開始の申立て（会社更生法第234条（更生手続の終了事由）等に規定する更生手続開始の申立てを棄却する決定があった場合のその申立てを除く。）があったことをいうものとする。（昭52年直法2-33「21」により追加、平12年課法2-19「十八」、平15年課法2-7「五十八」、平15年課法2-22「十八」、平22年課法2-1「四十四」、平29年課法2-2「四」により改正）
（中間申告書の提出を要しない法人の還付請求）
中間期間（災害（法第80条第5項（欠損金の繰戻しによる還付）に規定する災害をいう。以下この節において同じ。）のあった日から同日以後6月を経過する日までの間に終了するものに限る。）について、法第71条第1項ただし書（中間申告）又は第71条の2（中間申告書の提出を要しない場合）の規定により中間申告書の提出を要しないこととされている法人であっても、当該中間期間の災害損失欠損金額について法第80条第5項において準用する同条第1項の規定による災害損失の繰戻しによる法人税の還付を請求することができることに留意する。（平29年課法2-2「四」により追加、平29年課法2-17「二十五」、令4年課法2-14｢六十三」により改正）
（災害損失欠損金額と青色欠損金額がある場合の繰戻し還付）
青色申告書を提出する法人（措置法第66条の12第1項各号（中小企業者の欠損金等以外の欠損金の繰戻しによる還付の不適用）に掲げる法人に限る。）が、法第80条第5項（欠損金の繰戻しによる還付）において準用する同条第1項に規定する欠損事業年度（中間期間を除く。）において、同条第5項の規定の適用を受ける災害損失欠損金額以外の欠損金額を有する場合には、当該欠損金額について同条第1項の規定による法人税の還付請求ができることに留意する。
青色申告書を提出する法人が、措置法第66条の12第1項ただし書に規定する事業年度において生じた災害損失欠損金額以外の欠損金額を有する場合についても、同様とする。（平29年課法2-2「四」により追加、令2年課法2-17「十ニ」、令4年課法2-14｢六十三」により改正）
（欠損金の繰戻しによる還付における災害損失の額の計算）
12-2-1から12-2-15まで（滅失損等の計上時期等）は、法第80条第5項（欠損金の繰戻しによる還付）において準用する同条第1項の規定を適用する場合の災害損失の額（令第155条の2第4項柱書（欠損金の繰戻しによる還付）の損失の額をいう。）の計算について準用する。（平29年課法2-2「四」により追加、令4年課法2-14｢六十三」、令5年課法2-17「八」により改正）
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