法人が、令第61条第2項（減価償却資産の償却累積額による償却限度額の特例）の規定の適用を受けた減価償却資産について資本的支出をし、令第55条第2項（資本的支出の取得価額の特例）の規定を適用した場合において、当該資本的支出の金額を加算した後の帳簿価額が、当該資本的支出の金額を加算した後の取得価額の5％相当額を超えるときは、令第61条第2項の規定の適用はなく、当該減価償却資産について採用している償却方法により減価償却を行うことに留意する。（昭55年直法2-8「二十二」により追加、平10年課法2-7「七」、平19年課法2-7「五」、平23年課法2-17「十五」により改正）
同項の規定を適用する場合には、当該資本的支出の金額を加算した後の取得価額の5％相当額が基礎となる。
令第61条第2項（減価償却資産の償却累積額による償却限度額の特例）の規定の適用において、合併法人等（合併法人、分割承継法人、被現物出資法人又は被現物分配法人をいう。以下7-4-9において同じ。）の当該事業年度の前事業年度までの各事業年度においてした償却の額の累積額が取得価額の95％相当額に達している減価償却資産には、適格合併等（適格合併、適格分割、適格現物出資又は適格現物分配をいう。以下7-4-9において同じ。）により当該事業年度に移転を受けた減価償却資産のうち被合併法人等（被合併法人、分割法人、現物出資法人又は現物分配法人をいう。）においてした償却の額の累積額が取得価額の95％相当額に達しているものが含まれるものとする。（平19年課法2-7「五」により追加、平22年課法2-1「十五」、平23年課法2-17「十五」、令4年課法2-14｢十八」により改正）
適格合併等の日の属する事業年度の償却限度額の計算において乗ずることとなる月数は、合併法人等が適格合併等により移転を受けた減価償却資産を事業の用に供した日から当該事業年度終了の日までの期間の月数によることに留意する。
法人が令第61条の2第1項（堅固な建物等の償却限度額の特例）の規定による償却をしている減価償却資産について資本的支出をし、令第55条第2項（資本的支出の取得価額の特例）の規定を適用した場合には、その後の償却限度額の計算は、次による。（平19年課法2-7「五」、平23年課法2-17「十五」、令4年課法2-14｢十八」により改正）
当該資本的支出の金額を加算した後の帳簿価額が当該資本的支出の金額を加算した後の取得価額の5％相当額以下となるときは、当該帳簿価額を基礎とし、新たにその時から使用不能となると認められる日までの期間を基礎とし適正に見積もった月数により計算する。
当該資本的支出の金額を加算した後の帳簿価額が当該資本的支出の金額を加算した後の取得価額の5％相当額を超えるときは、5％相当額に達するまでは法定耐用年数によりその償却限度額を計算し、5％相当額に達したときは、改めて令第61条の2の規定により税務署長の認定を受け、当該認定を受けた月数により計算することができる。