✔４５－１０　法第45条第3項の「計算の基礎とされていた金額」とは、同項の居住者（以下45-14までにおいて「居住者」という。）が提出した確定申告書（当該確定申告書に係る同項に規定する修正申告書を含む。）に記載された不動産所得、事業所得、山林所得若しくは雑所得に係る総収入金額から当該確定申告書に記載されたこれらの所得の金額を差し引いた金額（これらの所得の金額の計算において、損失の金額が生ずる場合には、当該総収入金額に当該損失の金額を加えた金額）を構成する同項に規定する売上原価の額及び費用の額（以下45-14までにおいて「売上原価の額等」という。）又は青色申告決算書若しくは収支内訳書に記載された売上原価の額等をいうのであるが、これらの書類にこれらの金額の記載がない場合（青色申告決算書及び収支内訳書の提出がない場合を含む。）であっても、当該居住者が保存する帳簿書類その他の物件により、売上原価の額等を明らかにした場合には、当該売上原価の額等を「計算の基礎とされていた金額」と取り扱って差し支えない。（令4課個2-13、課法12-16、課審5-9追加）

✔４５－１１　法第45条第3項第1号イ又はロに掲げる帳簿書類その他の物件とは、同項各号の取引が行われたことを明らかにする、又は推測させる一切の帳簿書類その他の物件で居住者が保存しているものをいうことに留意する。（令4課個2-13、課法12-16、課審5-9追加）

✔４５－１２　法第45条第3項第2号の取引が行われたことが推測される場合とは、居住者が保存する帳簿書類その他の物件により、その取引が行われたことが推測される場合をいうのであるが、例えば、居住者の所得税に関する調査において、当該居住者が帳簿書類その他の物件の提示又は提出をした場合に、当該帳簿書類その他の物件に、取引の年月日や具体的な内容は記載されているが金額が記載されていないときその他その取引が存在すると見込まれるような事実の記載があるときは、同号の取引が行われたことが推測される場合に該当することに留意する。（令4課個2-13、課法12-16、課審5-9追加）

✔４５－１３　法第45条第3項第2号の「相手方に対する調査その他の方法」には、例えば、次に掲げる方法が該当することに留意する。（令4課個2-13、課法12-16、課審5-9追加）

✔４５－１４　法第45条第3項の規定の適用を受ける居住者について、法第156条（推計による更正又は決定）の規定により、所得金額を推計する場合には、同項の規定を適用した後の必要経費の額を基礎として所得金額を推計することとなることに留意する。
この場合の必要経費の額は、次に掲げる金額を合計して算出することとする。（令4課個2-13、課法12-16、課審5-9追加）