非居住者に対する課税関係の概要は、表5のとおりである。なお、この表は、法に規定する課税関係の概要であるから、租税条約にはこれと異なる定めのあるものがあることに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加、平29課法10-13、課個2-22、課審5-8改正）。
| （注） | 1 | 恒久的施設帰属所得が、上記の表① から16 までに掲げる国内源泉所得に重複して該当する場合があることに留意する。 |
| 2 | 上記の表② 資産の譲渡により生ずる所得のうち恒久的施設帰属所得に該当する所得以外のものについては、令第281条第1項第1号から第８号までに掲げるもののみ課税される。 | |
| 3 | 措置法の規定により、上記の表において総合課税の対象とされる所得のうち一定のものについては、申告分離課税又は源泉分離課税の対象とされる場合があることに留意する。 | |
| 4 | 措置法の規定により、上記の表における源泉徴収税率のうち一定の所得に係るものについては、軽減又は免除される場合があることに留意する。 |
恒久的施設を有する非住居者については、法第161条第1項第2号、第3号、第5号から第7号まで及び第17号（国内源泉所得）に掲げる所得であっても、同項第1号に掲げる所得に該当するものは、同号に掲げる所得として、法第164条第1項の規定を適用することに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。
法第164条第1項の規定により総合課税をされる同項各号に定める国内源泉所得は、その者のその年において当該各号に掲げる非居住者であった期間内に生じたものに限られることに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5改正）。
組合契約事業（法第161条第1項第4号に規定する組合契約に基づいて恒久的施設を通じて行う事業をいう。以下この項において同じ。）は、組合員（令第281条の2第2項（恒久的施設を通じて行う組合事業から生ずる利益）に規定する組合員をいう。）の共同事業であるから、組合員である非居住者が恒久的施設を有する非居住者に該当するかどうかについては、各組合員がそれぞれ組合契約事業を直接行っているものとして判定することに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5改正）。