令第106条第1項（有価証券の評価の方法の選定）に規定する有価証券の種類は、おおむね金融商品取引法第2条第1項第1号から第21号まで（第17号を除く。）の各号ごとの区分によるものとし、外国又は外国法人が発行するもので同項第1号から第9号まで及び第12号から第16号までのいずれかの性質を有するものは、これに準じて区分する。
ただし、新株予約権付社債は、同項第5号の社債とは種類の異なる有価証券として区分することとし、外貨建ての有価証券と円貨建ての有価証券又は外国若しくは外国法人の発行する有価証券と国若しくは内国法人の発行する有価証券は、それぞれ種類の異なる有価証券として区分することができる。（昭49直所2-23、昭55直所3-19、直法6-8、昭57直所3-15、直法6-13、直資3-8、平2直所3-9、直法6-7、平5課所4-1、平7課所4-1、課資3-1、平7課所4-16、平11課所4-25、平13課個2-30、課資3-3、課法8-9、平14課個2-5、課資3-3、課法8-3、課審3-118、平19課個2-11、課資3-1、課法9-5、課審4-26改正）
税務法規集所得税基本通達
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税務法規集所得税基本通達
法第48条（有価証券の譲渡原価等の計算及びその評価の方法）関係
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（有価証券の種類）
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（特定譲渡制限付株式等の価額）
令第109条第1項第2号（有価証券の取得価額）に規定する特定譲渡制限付株式又は承継譲渡制限付株式のその譲渡についての制限が解除された日における価額は、23～35共-5の4により求めた価額とする。（平28課個2-22、課審5-18改正）
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（発行法人から与えられた株式等を取得する権利の行使により取得した株式等の価額）
令第109条第1項第3号に規定する有価証券のその権利の行使の日（令第84条第3項第3号に掲げる権利の行使により取得した有価証券にあっては、当該権利に基づく払込み又は給付の期日（払込み又は給付の期間の定めがある場合には、当該払込み又は給付をした日））における価額は、23～35共-9により求めた価額とする。（昭49直所2-23、平11課所4-1、平14課個2-5、課資3-3、課法8-3、課審3-118、平18課個2-18、課資3-10、課審4-114、平28課個2-22、課審5-18、令元課個2-22、課法11-3、課審5-12、令2課個2-12、課法11-3、課審5-6改正）
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（株主等として与えられる場合）
令第109条第1項第4号に規定する「株主等として与えられる場合（当該発行法人の他の株主等に損害を及ぼすおそれがないと認められる場合に限る。）」については、23から35共-8の取扱いに準ずる。（平18課個2-18、課資3-10、課審4-114追加、平28課個2-22、課審5-18改正）
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（有価証券の購入のために要した費用）
令第109条第1項第5号に規定する「その他その有価証券の購入のために要した費用」とは、有価証券を購入するに当たって支出した謝礼金、交通費、通信費、名義書換料等をいう。（平18課個2-18、課資3-10、課審4-114追加、平28課個2-22、課審5-18改正）
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削除（昭49直所2-23、昭51直所3-1、直法6-1、直資3-1、平14課個2-5、課資3-3、課法8-3、課審3-118改正、平18課個2-18、課資3-10、課審4-114削除）
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削除（平18課個2-18、課資3-10、課審4-114削除）
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（新株予約権の行使により取得した株式の取得価額）
新株予約権の行使により取得した株式（発行法人から与えられた令第84条第3項第1号又は第2号に掲げる新株予約権で同項の規定の適用を受けるものの行使により取得したものを除く。）1株当たりの取得価額は、次の算式により計算した金額によるものとする。（平14課個2-5、課資3-3、課法8-3、課審3-118追加、平18課個2-18、課資3-10、課審4-114、平18課個2-18、課資3-10、課審4-114、平28課個2-22、課審5-18、令元課個2-22、課法11-3、課審5-12、令2課個2-12、課法11-3、課審5-6改正）
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（新株予約権付社債に係る新株予約権の行使により取得した株式の取得価額）
新株予約権付社債に係る新株予約権の内容として定められている新株予約権の行使に際して出資される財産の価額が当該新株予約権付社債の発行時の発行法人の株式の価額を基礎として合理的に定められている場合における当該新株予約権の行使により取得した株式1株当たりの取得価額は、次に定める算式により計算した金額によるものとする。（昭57直所3-15、直法6-13、直資3-8追加、平7課所4-1、課資3-1、平14課個2-5、課資3-3、課法8-3、課審3-118、平18課個2-18、課資3-10、課審4-114改正）
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（評価方法の変更申請があった場合の「相当期間」）
47-16の2は、有価証券の評価の方法について変更承認申請書の提出があった場合における令第107条第2項（有価証券の評価の方法の変更手続）の規定の適用について準用する。（昭55直所3-19、直法6-8追加）
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（有価証券の取得価額）
有価証券を譲渡した場合における事業所得の金額又は雑所得の金額の計算上必要経費に算入する金額は、法第37条第1項及び第48条の規定に基づいて計算した金額となるのであるが、有価証券の譲渡による収入金額の100分の5に相当する金額を有価証券の取得価額として事業所得の金額又は雑所得の金額を計算しているときは、これを認めて差し支えないものとする。（平5課所4-1追加）
有価証券を譲渡した場合における譲渡所得の金額の計算上収入金額から控除する取得費については、38-16参照
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