✔１６５－１　その年12月31日（その年の中途において死亡し又は出国をした場合には、その死亡又は出国の日）において非居住者である者でその年において居住者であった期間を有するもの（165-2において「居住者期間を有する非居住者」という。）に対して課する所得税の額は、法第165条第1項の規定により、法第102条（年の中途で非居住者が居住者となった場合の税額の計算）の規定に準じて計算することに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5改正）。

✔１６５－２　居住者期間を有する非居住者につき法第165条第1項において準用される法第102条の規定により所得税の額を計算する場合に控除する法第79条（障害者控除）から第84条（扶養控除）までに規定する控除額の計算の基礎となる扶養親族等の判定の時期等については、法第85条第1項（扶養親族等の判定の時期等）に規定する「その年12月31日（その者がその年の中途において死亡し又は出国をする場合には、その死亡又は出国の時……）」とは、次に掲げる場合の区分に応じ、それぞれ次に掲げる時をいうものとして、同条の規定を準用する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5改正）。

✔１６５－３　非居住者の事業活動の拠点が国内に複数ある場合には、複数の当該事業活動の拠点全体を一の恒久的施設として法第164条第1項第1号イ（非居住者に対する課税の方法）に掲げる国内源泉所得（以下第165条関係において「恒久的施設帰属所得」という。）を認識し当該恒久的施設帰属所得に係る各種所得の金額の計算を行うことに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－４　法第165条第2項第1号に規定する内部取引（以下第165条関係において「内部取引」という。）から生ずる恒久的施設帰属所得に係る各種所得の金額の計算については、37-2、46-1、52-1から52-24まで及び60の4-1の取扱いを除き、前編第1章第1節第1款から第5款まで及び第7款の取扱いを準用する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－５　非居住者の恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得若しくは雑所得又は一時所得の金額の計算上、恒久的施設とその事業場等（法第161条第2項に規定する事業場等をいう。以下第165条関係において同じ。）との間の資金の借入れに係る債務の保証に相当する事実に基づく保証料（これに準ずるものを含む。）の額は、必要経費の額又は支出した金額に算入することはできないことに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－６　95-13の取扱いは、国内及び国外にわたって船舶による運送の事業を営む非居住者のその年分の恒久的施設帰属所得に係る事業所得又は雑所得の金額の計算上必要経費の額に算入される運送の原価の額の計算について準用する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－７　非居住者の恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得の金額の計算上、法第162条第2項（租税条約に異なる定めがある場合の国内源泉所得）に規定する「租税条約（当該非居住者の同号に掲げる所得に対して租税を課することができる旨の定めのあるものに限るものとし、当該非居住者の恒久的施設と事業場等との間の同号に規定する内部取引から所得が生ずる旨の定めのあるものを除く。）の適用があるとき」には、恒久的施設とその事業場等との間の令第291条の2第2項第1号イからハまで（租税条約に異なる定めがある場合の国内源泉所得）に掲げるものの取得に相当する事実に基づく償却費等の額は、必要経費の額に算入することはできないことに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加、平30課個2‐29、課法12‐104、課審5‐8改正）。

✔１６５－８　非居住者の恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得の金額の計算上、法第37条（必要経費）の規定に準じて計算する場合における法第165条第2項第1号の販売費等及び育成費等のうち内部取引に係るものは、別に定めるものを除き、次に掲げる要件の全てに該当することとなった日の属する年の年分の必要経費の額に算入する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－９　恒久的施設を有する非居住者の事業税の額については、当該金額のうち恒久的施設帰属所得に係る不動産所得又は事業所得の金額に対応する部分の金額として合理的に計算された金額が、恒久的施設帰属所得に係る不動産所得又は事業所得の金額の計算上必要経費の額に算入されることに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－１０　法第165条第2項第2号に規定する「非居住者の恒久的施設を通じて行う事業及びそれ以外の事業に共通する販売費等及び育成費等」とは、例えば、次に掲げる業務に関する費用のうち、恒久的施設を通じて行う事業とそれ以外の事業に共通する費用で、当該恒久的施設を有する非居住者の事業場等において行われる事業活動の重要な部分に関連しないものをいうことに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－１１　恒久的施設を有する非居住者のその年における法第165条第2項第2号に規定する「共通する販売費等及び育成費等」の額（以下この項において「共通費用の額」という。）については、個々の業務ごと、かつ、個々の費目ごとに令第292条第3項（恒久的施設帰属所得についての総合課税に係る所得税の課税標準等の計算）に規定する合理的と認められる基準により当該恒久的施設を通じて行う事業に配分するのであるが、全ての共通費用の額を一括して、当該非居住者のその年分の不動産所得に係る総収入金額、事業所得に係る総収入金額、山林所得に係る総収入金額又は雑所得に係る総収入金額のうちに当該恒久的施設を通じて行う事業に係る収入金額の合計額の占める割合を用いて恒久的施設帰属所得に係る不動産所得、事業所得、山林所得又は雑所得の金額の計算上必要経費の額として配分すべき金額を計算して差し支えない（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－１２　法第165条第2項第2号の規定の適用上、恒久的施設を有する非居住者が、当該恒久的施設を通じて行う事業に係るものとして配分した金額のうちに減価償却資産に係る償却費の額が含まれている場合には、当該償却費の額につき当該非居住者の居住地国の所得税に相当する税（以下この項において「外国所得税」という。）に関する法令（当該外国所得税に関する法令が2以上ある場合には、そのうち主たる外国所得税に関する法令とする。）の規定の適用上認められている方法により計算しているときは、これを認める。ただし、当該償却費の額が当該減価償却資産の取得価額をその年分の償却費として償却する方法により計算されたものである場合には、当該償却費の額のうち法第49条（減価償却資産の償却費の計算及びその償却の方法）の規定の例によるものとした場合に必要経費の額に算入されることとなる金額を超える部分の金額については、この限りでない。
　恒久的施設を通じて行う事業に係るものとして配分した金額のうちに繰延資産に係る償却費の額が含まれている場合の当該償却費の額の計算についても、同様とする（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－１３　外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律の規定又は租税条約により所得税が課されないこととされている不動産所得、事業所得、山林所得又は譲渡所得について損失の金額が生じた場合においても、当該損失の金額は、法第165条第1項に規定する総合課税に係る所得税の課税標準の額の計算上なかったものとされることに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－１４　恒久的施設に係る外貨建取引（法第57条の3第1項（外貨建取引の換算）に規定する外貨建取引をいう。）の円換算等については、57の3-1から57の3-6までの取扱いに準ずる。この場合において、当該恒久的施設を通じて行う事業に係るものとしてその事業場等から配分を受ける費用の額の円換算は、原則としてその年12月31日の電信売買相場の仲値によるが、当該恒久的施設を有する非居住者が当該費用の額の全部につき当該恒久的施設に係る会計帳簿に当該費用の額として計上する日の電信売買相場の仲値により円換算をしているときは、継続適用を条件として、これを認める（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。

✔１６５－１５　令第292条の6（恒久的施設を有する非居住者の総合課税に係る所得税の課税標準の計算）の規定により各種所得ごとに所得の金額を計算する場合において、山林所得、譲渡所得又は一時所得で同条に規定する恒久的施設帰属所得に係るものと同条に規定するその他の国内源泉所得に係るものがあるときは、これらの所得に係る法第32条第4項（山林所得）、第33条第4項（譲渡所得）又は第34条第3項（一時所得）に規定する特別控除額は、これらの所得をそれぞれ合算した所得につき計算することに留意する（平28課2-4、課法11-8、課審5-5追加）。